БИОХИМИЯ, 2020, том 85, вып. 7, с. 890–906

УДК 577.2

Маркеры активации молекулярных путей связаны с эффективностью терапии трастузумабом при HER2-позитивном метастатическом раке молочной железы лучше, чем уровень экспрессии отдельных генов*

© 2020 М. Сорокин 1,2,3, К. Игнатьев 4, В. Барбара 4, У. Владимирова 1,3, А. Муравьева 3, М. Сунцова 1, Н. Гайфуллин 5, И. Воротников 6, Д. Камашев 1,3, А. Бондаренко 7, М. Баранова 7,8, Е. Поддубская 3,7, A. Буздин 1,2,3,9**

ФГБУН «Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова» РАН, 117997 Москва, Россия; электронная почта: buzdin@oncobox.com

OmicsWay Corp., 91789 Walnut, CA, США

ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет), 119991 Москва, Россия

ГБУЗ Республики Карелия «Республиканский онкологический диспансер», 185016 Петрозаводск, Россия

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, факультет фундаментальной медицины, 119991 Москва, Россия

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 115478 Москва, Россия

Многопрофильный медицинский центр «ВитаМед», 121309 Москва, Россия

ФГБНУ «Росийский Научный Центр Хирургии им. акад. Б.В. Петровского», 119991 Москва, Россия

ФГАОУ ВО «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)», 141701 Долгопрудный, Московская обл., Россия

Поступила в редакцию 31.03.2020
После доработки 29.05.2020
Принята к публикации 31.05.2020

DOI: 10.31857/S0320972520070040

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: рак молочной железы, HER2, ERBB2, транскриптомика, РНК-секвенирование, трастузумаб, таргетная терапия, персонализированная медицина, NCT03521245.

Аннотация

Повышенная экспрессия или амплификация гена ERBB2, кодирующего тирозинкиназу HER2, – хорошо известный и широко используемый прогностический биомаркер назначения таргетного противоопухолевого препарата трастузумаб и его аналогов при раке молочной железы (РМЖ). Поскольку часть опухолей с повышенной экспрессией HER2 все же не отвечает на трастузумаб, мы провели клиническое исследование NCT03521245 для выявления дополнительных экспрессионных биомаркеров трастузумаба при HER2-позитивных РМЖ. С помощью РНК-секвенирования мы профилировали генную экспрессию для 23-х образцов фиксированной в формалине парафинизированной ткани HER2-позитивного РМЖ, полученных от пациентов с известным статусом ответа на трастузумаб. Для групп пациентов-ответчиков и неответчиков на лечение мы бнаружили ряд дифференциально регулируемых генов и молекулярных путей. Мы сравнили эти результаты с 42-мя профилями РНК-секвенирования пациентов-ответчиков и еответчиков на терапию трастузумабом, ранее опубликованными по итогам клинических исследований NCT00513292 и NCT00353483. Мы не нашли корреляции между статусом ответа и уровнем экспрессии самого гена ERBB2 в HER2-положительных образцах РМЖ. Сравнение дифференциально регулируемых генов и молекулярных путей в объединенном наборе данных выявило 15 активированных и 27 подавленных у ответчиков на трастузумаб генов и 15/25 молекулярных путей соответственно. Тем не менее по сравнению с моделью случайного распределения статистически значимым оказалось только пересечение молекулярных путей, активированных у ответчиков по сравнению с неответчиками. Классификатор, построенный нами на основе наиболее сильно активированного дифференциального молекулярного пути «cAMP Pathway Protein Retention», показал наилучшую эффективность для прогнозирования ответа на трастузумаб HER2-положительного РМЖ как для наших, так и для ранее опубликованных данных. Этот путь также статистически достоверно (p = 0,041) предсказывал время до рецидивирования заболевания в комбинированном наборе данных.

Сноски

* Первоначально английский вариант рукописи опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow) http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya, в рубрике «Papers in Press», BM20-089, 24.06.2020.

** Адресат для корреспонденции.

Финансирование

Это исследование было поддержано Российским научным фондом (грант № 18-15-00061) (Антон Буздин, Дмитрий Камашев, Ульяна Владимирова, Максим Сорокин, Мария Сунцова) и исследовательской программой OmicsWay в области онкологии.

Конфликт интересов

Авторы М. Сорокин и А. Буздин работают в компании OmicsWay Corp., США. Это исследование получило финансирование от компании Omicsway Corp., США. Компания принимала участие в анализе данных, их интерпретации и написании текста. Компания не принимала участия в разработке дизайна исследования, сборе данных и решении опубликовать данную статью. Остальные авторы заявляют, что исследование проводилось в отсутствие каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Соблюдение этических норм

От всех пациентов, биоматериал которых был включен в клиническое исследование NCT03521245, озаглавленное «Маркеры активации молекулярных путей, прогнозирующие эффективность терапии трастузумабом HER2-позитивного рака молочной железы», было получено информированное добровольное согласие на участие в исследовании и публикацию его результатов в обезличенной форме. Форма информированного согласия и дизайн исследования были одобрены этическими комитетами ГБУЗ Республики Карелия «Республиканский онкологический диспансер» (г. Петрозаводск) и Многопрофильного медицинского центра «ВитаМед» (г. Москва).

Дополнительные материалы

Приложение к статье на английском языке опубликовано на сайте журнала «Biochemistry» (Moscow) (http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya/) и на сайте издательства Springer (https://link.springer.com/journal/10541), том 85, вып. 7, 2020.

Список литературы

1. Press, M. F., Bernstein, L., Thomas, P. A., Meisner, L. F., Zhou, J. Y., Ma, Y., Hung, G., Robinson, R. A., Harris, C., El-Naggar, A., Slamon, D. J., Phillips, R. N., Ross, J. S., Wolman, S. R., and Flom, K. J. (1997) HER-2/neu gene amplification characterized by fluorescence in situ hybridization: poor prognosis in node-negative breast carcinomas, J. Clin. Oncol., 15, 2894-2904, doi: 10.1200/JCO.1997.15.8.2894.

2. Slamon, D. J., Clark, G. M., Wong, S. G., Levin, W. J., Ullrich, A., and McGuire, W. L. (1987) Human breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the HER-2/neu oncogene, Science, 235, 177-182, doi: 10.1126/science.3798106.

3. Hammond, M. E. H., Hayes, D. F., Dowsett, M., Allred, D. C., Hagerty, K. L., et al. (2010) American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists guideline recommendations for immunohistochemical testing of estrogen and progesterone receptors in breast cancer, Arch. Pathol. Lab. Med., 134, 907-922, doi: 10.1043/1543-2165-134.6.907.

4. Lesurf, R., Griffith, O. L., Griffith, M., Hundal, J., Trani, L., Watson, M. A., Aft, R., Ellis, M. J., Ota, D., Suman, V. J., Meric-Bernstam, F., Leitch, A. M., Boughey, J. C., Unzeitig, G., Buzdar, A. U., Hunt, K. K., and Mardis, E. R. (2017) Genomic characterization of HER2-positive breast cancer and response to neoadjuvant trastuzumab and chemotherapy-results from the ACOSOG Z1041 (Alliance) trial, Ann. Oncol., 28, 1070-1077, doi: 10.1093/annonc/mdx048.

5. Buzdin, A., Sorokin, M., Garazha, A., Sekacheva, M., Kim, E., Zhukov, N., Wang, Y., Li, X., Kar, S., Hartmann, C., Samii, A., Giese, A., and Borisov, N. (2018) Molecular pathway activation – New type of biomarkers for tumor morphology and personalized selection of target drugs, Semin. Cancer Biol., 53, 110-124, doi: 10.1016/j.semcancer.2018.06.003.

6. Artemov, A., Aliper, A., Korzinkin, M., Lezhnina, K., Jellen, L., Zhukov, N., Roumiantsev, S., Gaifullin, N., Zhavoronkov, A., Borisov, N., and Buzdin, A. (2015) A method for predicting target drug efficiency in cancer based on the analysis of signaling pathway activation, Oncotarget, 6, 29347-29356, doi: 10.18632/oncotarget.5119.

7. Pagani, O., Klingbiel, D., Ruhstaller, T., Nolè, F., Eppenberger, S., Oehlschlegel, C., Bernhard, J., Brauchli, P., Hess, D., Mamot, C., Munzone, E., Pestalozzi, B., Rabaglio, M., Aebi, S., Ribi, K., Rochlitz, C., Rothgiesser, K., Thürlimann, B., von Moos, R., Zaman, K., Goldhirsch, A., and Swiss Group for Clinical Cancer Research (SAKK) (2017) Do all patients with advanced HER2 positive breast cancer need upfront-chemo when receiving trastuzumab? Randomized phase III trial SAKK 22/99, Ann. Oncol., 28, 305-312, doi: 10.1093/annonc/mdw622.

8. Schmid, S., Klingbiel, D., Aebi, S., Goldhirsch, A., Mamot, C., Munzone, E., Nolè, F., Oehlschlegel, C., Pagani, O., Pestalozzi, B., Rochlitz, C., Thürlimann, B., von Moos, R., Weder, P., Zaman, K., and Ruhstaller, T. (2019) Long-term responders to trastuzumab monotherapy in first-line HER-2+ advanced breast cancer: characteristics and survival data, BMC Cancer, 19, 902, doi: 10.1186/s12885-019-6105-3.

9. Zhu, X., and Verma, S. (2015) Targeted therapy in her2-positive metastatic breast cancer: a review of the literature, Curr. Oncol., 22, S19-28, doi: 10.3747/co.22.2363.

10. Slamon, D. J., Leyland-Jones, B., Shak, S., Fuchs, H., Paton, V., Bajamonde, A., Fleming, T., Eiermann, W., Wolter, J., Pegram, M., Baselga, J., and Norton, L. (2001) Use of chemotherapy plus a monoclonal antibody against HER2 for metastatic breast cancer that overexpresses HER2, N. Engl. J. Med., 344, 783-792, doi: 10.1056/NEJM200103153441101.

11. Buzdin, A., Sorokin, M., Garazha, A., Glusker, A., Aleshin, A., Poddubskaya, E., Sekacheva, M., Kim, E., Gaifullin, N., Giese, A., Seryakov, A., Rumiantsev, P., Moshkovskii, S., and Moiseev, A. (2019) RNA sequencing for research and diagnostics in clinical oncology, Semin. Cancer Biol., doi: 10.1016/j.semcancer.2019.07.010.

12. Artcibasova, A. V., Korzinkin, M. B., Sorokin, M. I., Shegay, P. V., Zhavoronkov, A. A., Gaifullin, N., Alekseev, B. Y., Vorobyev, N. V., Kuzmin, D. V., Kaprin, A. D., Borisov, N. M., and Buzdin, A. A. (2016) MiRImpact, a new bioinformatic method using complete microRNA expression profiles to assess their overall influence on the activity of intracellular molecular pathways, Cell Cycle, 15, 689-698, doi: 10.1080/15384101.2016.1147633.

13. Buzdin, A. A., Prassolov, V., Zhavoronkov, A. A., and Borisov, N. M. (2017) Bioinformatics meets biomedicine: OncoFinder, a quantitative approach for interrogating molecular pathways using gene expression data, Methods Mol. Biol., 1613, 53-83, doi: 10.1007/978-1-4939-7027-8_4.

14. Borisov, N. M., Terekhanova, N. V., Aliper, A. M., Venkova, L. S., Smirnov, P. Y., Roumiantsev, S., Korzinkin, M. B., Zhavoronkov, A. A., and Buzdin, A. A. (2014) Signaling pathways activation profiles make better markers of cancer than expression of individual genes, Oncotarget, 5, 10198-10205, doi: 10.18632/oncotarget.2548.

15. Buzdin, A., Sorokin, M., Poddubskaya, E., and Borisov, N. (2019) High-throughputm data now complement transcriptomic profiling: advances in molecular pathway activation analysis approach in cancer biology, Cancer Inform., 18, 1176935119838844, doi: 10.1177/1176935119838844.

16. Zolotovskaia, M. A., Sorokin, M. I., Roumiantsev, S. A., Borisov, N. M., and Buzdin, A. A. (2018) Pathway instability is an effective new mutation-based type of cancer biomarkers, Front. Oncol., 8, 658, doi: 10.3389/fonc.2018.00658.

17. Lezhnina, K., Kovalchuk, O., Zhavoronkov, A. A., Korzinkin, M. B., Zabolotneva, A. A., Shegay, P. V., Sokov, D. G., Gaifullin, N. M., Rusakov, I. G., Aliper, A. M., Roumiantsev, S. A., Alekseev, B. Y., Borisov, N. M., and Buzdin, A. A. (2014) Novel robust biomarkers for human bladder cancer based on activation of intracellular signaling pathways, Oncotarget, 5, 9022-9032, doi: 10.18632/oncotarget.2493.

18. Ozerov, I. V., Lezhnina, K. V., Izumchenko, E., Artemov, A. V., Medintsev, S., Vanhaelen, Q., Aliper, A., Vijg, J., Osipov, A. N., Labat, I., West, M. D., Buzdin, A., Cantor, C. R., Nikolsky, Y., Borisov, N., Irincheeva, I., Khokhlovich, E., Sidransky, D., Camargo, M. L., and Zhavoronkov, A. (2016) In silico Pathway Activation Network Decomposition Analysis (iPANDA) as a method for biomarker development, Nat. Commun., 7, 13427, doi: 10.1038/ncomms13427.

19. Buzdin, A. A., Zhavoronkov, A. A., Korzinkin, M. B., Roumiantsev, S. A., Aliper, A. M., Venkova, L. S., Smirnov, P. Y., and Borisov, N. M. (2014) The OncoFinder algorithm for minimizing the errors introduced bythe high-throughput methods of transcriptome analysis, Front. Mol. Biosci., 1, 8, doi: 10.3389/fmolb.2014.00008.

20. Borisov, N., Suntsova, M., Sorokin, M., Garazha, A., Kovalchuk, O., Aliper, A., Ilnitskaya, E., Lezhnina, K., Korzinkin, M., Tkachev, V., Saenko, V., Saenko, Y., Sokov, D. G., Gaifullin, N. M., Kashintsev, K., Shirokorad, V., Shabalina, I., Zhavoronkov, A., Mishra, B., Cantor, C. R., and Buzdin, A. (2017) Data aggregation at the level of molecular pathways improves stability of experimental transcriptomic and proteomic data, Cell Cycle, 16, 1810-1823, doi: 10.1080/15384101.2017.1361068.

21. Zhu, Q., Izumchenko, E., Aliper, A. M., Makarev, E., Paz, K., Buzdin, A. A., Zhavoronkov, A. A., and Sidransky, D. (2015) Pathway activation strength is a novel independent prognostic biomarker for cetuximab sensitivity in colorectal cancer patients, Hum. Genome Var., 2, 15009, doi: 10.1038/hgv.2015.9.

22. Poddubskaya, E. V., Baranova, M. P., Allina, D. O., Sekacheva, M. I., Makovskaia, L. A., Kamashev, D. E., Suntsova, M. V., Barbara, V. S., Kochergina-Nikitskaya, I. N., and Aleshin, A. A. (2019) Personalized prescription of imatinib in recurrent granulosa cell tumor of the ovary: case report, Cold Spring Harb. Mol. Case Stud., 5, doi: 10.1101/mcs.a003434.

23. Poddubskaya, E. V., Baranova, M. P., Allina, D. O., Smirnov, P. Y., Albert, E. A., Kirilchev, A. P., Aleshin, A. A., Sekacheva, M. I., and Suntsova, M. V. (2018) Personalized prescription of tyrosine kinase inhibitors in unresectable metastatic cholangiocarcinoma, Exp. Hematol. Oncol., 7, 21, doi: 10.1186/s40164-018-0113-x.

24. Poddubskaya, E., Bondarenko, A., Boroda, A., Zotova, E., Glusker, A., Sletina, S., Makovskaia, L., Kopylov, P., Sekacheva, M., Moisseev, A., and Baranova, M. (2019) Transcriptomics-guided personalized prescription of targeted therapeutics for metastatic ALK-positive lung cancer case following recurrence on ALK inhibitors, Front. Oncol., 9, 1026, doi: 10.3389/fonc.2019.01026.

25. Howlader, N., Cronin, K. A., Kurian, A. W., and Andridge, R. (2018) Differences in breast cancer survival by molecular subtypes in the United States, Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., 27, 619-626, doi: 10.1158/1055-9965.EPI-17-0627.

26. Prat, A., Carey, L. A., Adamo, B., Vidal, M., Tabernero, J., Cortés, J., Parker, J. S., Perou, C. M., and Baselga, J. (2014) Molecular features and survival outcomes of the intrinsic subtypes within HER2-positive breast cancer, J. Natl. Cancer Inst., 106, doi: 10.1093/jnci/dju152.

27. Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., and Gingeras, T. R. (2013) STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner, Bioinformatics, 29, 15-21, doi: 10.1093/bioinformatics/bts635.

28. Love, M. I., Huber, W., and Anders, S. (2014) Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2, Genome Biol., 15, 550, doi: 10.1186/s13059-014-0550-8.

29. Sorokin, M., Kholodenko, R., Suntsova, M., Malakhova, G., Garazha, A., Kholodenko, I., Poddubskaya, E., Lantsov, D., Stilidi, I., Arhiri, P., Osipov, A., and Buzdin, A. (2018) Oncobox bioinformatical platform for selecting potentially effective combinations of target cancer drugs using high-throughput gene expression data, Cancers, 10, doi: 10.3390/cancers10100365.

30. Croft, D., Mundo, A. F., Haw, R., Milacic, M., Weiser, J., Wu, G., Caudy, M., Garapati, P., Gillespie, M., Kamdar, M. R., Jassal, B., Jupe, S., Matthews, L., May, B., Palatnik, S., Rothfels, K., Shamovsky, V., Song, H., Williams, M., Birney, E., Hermjakob, H., Stein, L., and D’Eustachio, P.(2014) The Reactome pathway knowledgebase, Nucleic Acids Res., 42, D472-477, doi: 10.1093/nar/gkt1102.

31. Schaefer, C. F., Anthony, K., Krupa, S., Buchoff, J., Day, M., Hannay, T., and Buetow, K. H. (2009) PID: the Pathway Interaction Database, Nucleic Acids Res., 37, D674-D679, doi: 10.1093/nar/gkn653.

32. Kanehisa, M. (2000) KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Nucleic Acids Res., 28, 27-30, doi: 10.1093/nar/28.1.27.

33. Romero, P., Wagg, J., Green, M. L., Kaiser, D., Krummenacker, M., and Karp, P. D. (2005) Computational prediction of human metabolic pathways from the complete human genome, Genome Biol., 6, R2, doi: 10.1186/gb-2004-6-1-r2.

34. Nishimura, D. (2001) BioCarta, Biotech Software and Internet Report, 2, 117-120, doi: 10.1089/152791601750294344.

35. Igolkina, A. A., Zinkevich, A., Karandasheva, K. O., Popov, A. A., Selifanova, M. V., Nikolaeva, D., Tkachev, V., Penzar, D., Nikitin, D. M., and Buzdin, A. (2019) H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 histone tags suggest distinct regulatory evolution of open and condensed chromatin landmarks, Cells, 8, doi: 10.3390/cells8091034.

36. Marggraf, M. B., Panteleev, P. V., Emelianova, A. A., Sorokin, M. I., Bolosov, I. A., Buzdin, A. A., Kuzmin, D. V., and Ovchinnikova, T. V. (2018) Cytotoxic potential of the novel horseshoe crab peptide polyphemusin III, Mar. Drugs, 16, doi: 10.3390/md16120466.

37. Buzdin, A., Garazha, A., Sorokin, M., Glusker, A., Aleshin, A., Allina, D., Suntsova, M., Tkachev, V., Borger, P., Borisov, N., and Gaifullin, N. (2019) RNA sequencing analysis for profiling activation of cancer-associated molecular pathways, J. Clin. Oncol., 37, e13032-e13032, doi: 10.1200/jco.2019.37.15_suppl.e13032.

38. Green, D. M., Swets, J. A. (1966) Signal Detection Theory and Psychophysics, New York.

39. Chen, L., Zhou, Y., Tang, X., Yang, C., Tian, Y., Xie, R., Chen, T., Yang, J., Jing, M., Chen, F., Wang, C., Sun, H., and Huang, Y. (2019) EGFR mutation decreases FDG uptake in non-small cell lung cancer via the NOX4/ ROS/GLUT1 axis, Int. J. Oncol., 54, 370-380, doi: 10.3892/ijo.2018.4626.

40. Tanioka, M., Fan, C., Parker, J. S., Hoadley, K. A., Hu, Z., Li, Y., Hyslop, T. M., Pitcher, B. N., Soloway, M. G., Spears, P. A., Henry, L. N., Tolaney, S., Dang, C. T., Krop, I. E., Harris, L. N., Berry, D. A., Mardis, E. R., Winer, E. P., Hudis, C. A., Carey, L. A., and Perou, M.(2018) Integrated analysis of RNA and DNA from the phase III trial CALGB 40601 identifies predictors of response to trastuzumab-based neoadjuvant chemotherapy in HER2-positive breast cancer, Clin. Cancer Res., 24, 5292-5304, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-17-3431.

41. Liu, T., Cheng, G., Kang, X., Xi, Y., Zhu, Y., Wang, K., Sun, C., Ye, J., Li, P., and Yin, H. (2018) Noninvasively evaluating the grading and IDH1 mutation status of diffuse gliomas by three-dimensional pseudo-continuous arterial spin labeling and diffusion-weighted imaging, Neuroradiology, 60, 693-702, doi: 10.1007/s00234-018-2021-5.

42. Boyd, J. C. (1997) Mathematical tools for demonstrating the clinical usefulness of biochemical markers, Scand. J. Clin. Lab. Invest. Suppl., 227, 46-63.

43. Hendricks, W. P. D., Briones, N., Halperin, R. F., Facista, S., Heaton, P. R., Mahadevan, D., and Kim, S. (2019) PD-1-associated gene expression signature of neoadjuvant trastuzumab-treated tumors correlates with patient survival in HER2-positive breast cancer, Cancers, 11, doi: 10.3390/cancers11101566.

44. Okuma, H. S., Koizumi, F., Hirakawa, A., Nakatochi, M., Komori, O., Hashimoto, J., Kodaira, M., Yunokawa, M., Yamamoto, H., Yonemori, K., Shimizu, C., Fujiwara, Y., and Tamura, K. (2016) Clinical and microarray analysis of breast cancers of all subtypes from two prospective preoperative chemotherapy studies, Br. J. Cancer, 115, 411-419, doi: 10.1038/bjc.2016.184.

45. Popovici, V., Chen, W., Gallas, B. G., Hatzis, C., Shi, W., Samuelson, F. W., Nikolsky, Y., Tsyganova, M., Ishkin, A., Nikolskaya, T., Hess, K. R., Valero, V., Booser, D., Delorenzi, M., Hortobagyi, G. N., Shi, L., Symmans, W. F., and Pusztai, L. (2010) Effect of training-sample size and classification difficulty on the accuracy of genomic predictors, Breast Cancer Res., 12, R5, doi: 10.1186/bcr2468.

46. Shi, L., Campbell, G., Jones, W. D., Campagne, F., Wen, Z., et al. (2010) The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models, Nat. Biotechnol., 28, 827-838, doi: 10.1038/nbt.1665.

47. Sonnenblick, A., Brohée, S., Fumagalli, D., Rothé, F., Vincent, D., Ignatiadis, M., Desmedt, C., Salgado, R., Sirtaine, N., Loi, S., Neven, P., Loibl, S., Denkert, C., Joensuu, H., Piccart, M., and Sotiriou, C. (2015) Integrative proteomic and gene expression analysis identify potential biomarkers for adjuvant trastuzumab resistance: analysis from the Fin-her phase III randomized trial, Oncotarget, 6, 30306-30316, doi: 10.18632/oncotarget.5080.

48. Nault, R., Fader, K. A., and Zacharewski, T. (2015) RNA-Seq versus oligonucleotide array assessment of dose-dependent TCDD-elicited hepatic gene expression in mice, BMC Genomics, 16, 373, doi: 10.1186/s12864-015-1527-z.

49. SEQC/MAQC-III Consortium (2014) A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium, Nat. Biotechnol., 32, 903-914, doi: 10.1038/nbt.2957.

50. Suntsova, M., Gaifullin, N., Allina, D., Reshetun, A., Li, X., Mendeleeva, L., Surin, V., Sergeeva, A., Spirin, P., Prassolov, V., Morgan, A., Garazha, A., Sorokin, M., and Buzdin, A. (2019) Atlas of RNA sequencing profiles for normal human tissues, Sci. Data, 6, 36, doi: 10.1038/s41597-019-0043-4.

51. Kumar, N., Prasad, P., Jash, E., Saini, M., Husain, A., Goldman, A., and Sehrawat, S. (2018) Insights into exchange factor directly activated by cAMP (EPAC) as potential target for cancer treatment, Mol. Cell. Biochem., 447, 77-92, doi: 10.1007/s11010-018-3294-z.

52. Capitani, M., and Sallese, M. (2009) The KDEL receptor: new functions for an old protein, FEBS Lett., 583, 3863-3871, doi: 10.1016/j.febslet.2009.10.053.

53. Maisel, S. A., and Schroeder, J. (2019) Wrong place at the wrong time: how retrograde trafficking drives cancer metastasis through receptor mislocalization, J. Cancer Metastasis Treat., 2019, doi: 10.20517/2394-4722.2018.82.

54. Valabrega, G., Montemurro, F., Sarotto, I., Petrelli, A., Rubini, P., Tacchetti, C., Aglietta, M., Comoglio, P. M., and Giordano, S. (2005) TGFα expression impairs Trastuzumab-induced HER2 downregulation, Oncogene, 24, 3002-3010, doi: 10.1038/sj.onc.1208478.

55. Ahmad, A. (2019) Current updates on trastuzumab resistance in HER2 overexpressing breast cancers, Adv. Exp. Med. Biol., 1152, 217-228, doi: 10.1007/978-3-030-20301-6_10.

56. Adamczyk, A., Kruczak, A., Harazin-Lechowska, A., Ambicka, A., Grela-Wojewoda, A., Domagala-Haduch, M., Janecka-Widla, A., Majchrzyk, K., Cichocka, A., Rys, J., and Niemiec, J. (2018) Relationship between HER2 gene status and selected potential biological features related to trastuzumab resistance and its influence on survival of breast cancer patients undergoing trastuzumab adjuvant treatment, Onco Targets Ther., 11, 4525-4535, doi: 10.2147/OTT.S166983.

57. Hanker, A. B., Garrett, J. T., Estrada, M. V., Moore, P. D., Ericsson, P. G., et al. (2017) HER2-overexpressing breast cancers amplify FGFR signaling upon acquisition of resistance to dual therapeutic blockade of HER2, Clin. Cancer Res., 23, 4323-4334, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-16-2287.

58. Lenz, G., Hamilton, A., Geng, S., Hong, T., Kalkum, M., Momand, J., Kane, S. E., and Huss, J. M. (2018) t-Darpp activates IGF-1R signaling to regulate glucose metabolism in trastuzumab-resistant breast cancer cells, Clin. Cancer Res., 24, 1216-1226, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-17-0824.

59. Martinez, V. G., O’Neill, S., Salimu, J., Breslin, S., Clayton, A., Crown, J., and O’Driscoll, L. (2017) Resistance to HER2-targeted anti-cancer drugs is associated with immune evasion in cancer cells and their derived extracellular vesicles, Oncoimmunology, 6, e1362530, doi: 10.1080/2162402X.2017.1362530.

60. Van Rooijen, J. M., Qiu, S. Q., Timmer-Bosscha, H., van der Vegt, B., Boers, J. E., Schroder, C. P., and de Vries, E. G. E. (2018) Androgen receptor expression inversely correlates with immune cell infiltration in human epidermal growth factor receptor 2-positive breast cancer, Eur. J. Cancer, 103, 52-60, doi: 10.1016/j.ejca.2018.08.001.