БИОХИМИЯ, 2020, том 85, вып. 7, с. 863–878

УДК 577.2;616-006

Инактивация эпигенетических регуляторов вследствие мутаций в солидных опухолях

Обзор

© 2020 М.В. Немцова 1,2, Д.С. Михайленко 1,2*, Е.Б. Кузнецова 1, И.И. Быков 1, А.А. Замятнин (мл.) 1,3

ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский университет), 119991 Москва, Россия; электронная почта: dimserg@mail.ru

ФГБНУ Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова, 115478 Москва, Россия

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, НИИ Физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, 119991 Москва, Россия

Поступила в редакцию 27.04.2020
После доработки 19.05.2020
Принята к публикации 19.05.2020

DOI: 10.31857/S0320972520070027

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: мутация, ремоделирование хроматина, модификация гистонов, ген-супрессор, метилирование ДНК.

Аннотация

Основные события канцерогенеза связаны с соматическими мутациями в онкогенах и генах-супрессорах – событиями, представляющими собой изменение нуклеотидной последовательности ДНК. Не меньшую роль в развитии новообразований играют эпигенетические изменения, выражающиеся в аберрантном метилировании ДНК, модификациях гистоновых белков и перестройке структуры хроматина. В связи с этим особый интерес вызывают мутации в генах, которые кодируют ключевые участники эпигенетической регуляции: ферменты, метилирующие/деметилирующие ДНК; ферменты, ковалентно присоединяющие или снимающие регуляторные метки с гистонов; компоненты мультипротеиновых комплексов ремоделирования нуклеосомы; вспомогательные белки и кофакторы указанных выше типов молекул. В настоящем обзоре описаны как герминальные, так и в большей мере соматические мутации основных эпигенетических регуляторов в солидных опухолях у человека, а также рассмотрены функциональные последствия этих мутаций на клеточном уровне. Отдельно охарактеризованы клинические ассоциации соматических мутаций в эпигенетических регуляторах, ДНК-диагностика врожденных онкологических синдромов при герминальных мутациях SMARC-белков, а также препараты для химиотерапии солидных новообразований, прямо воздействующие на измененные эпигенетические регуляторы. Обзор ориентирован на широкий круг молекулярных биологов, генетиков, онкологов и смежных специалистов.

Сноски

* Адресат для корреспонденции.

Финансирование

Работа выполнена при частичной финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 18-29-09020) и государственного задания Минобрнауки России на 2020 г.

Конфликт интересов

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Соблюдение этических норм

Настоящая статья не содержит описания каких-либо исследований с использованием людей и животных в качестве объектов.

Список литературы

1. Bray, F., Ferlay, J., Soerjomataram, I., Siegel, R. L., Torre, L. A., and Jemal, A. (2018) Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries, CA Cancer J. Clin., 68, 394-324, doi: 10.3322/caac.21492.

2. Каприн А. Д., Старинский В. В., Петрова Г. В. (2019) Злокачественные новообразования в России в 2018 году (заболеваемость и смертность), МНИОИ им. П.А. Герцена – филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, Москва.

3. Красильников М. А., Зборовская И. Б. (2016) Молекулярный канцерогенез, ИД АБВ-пресс, Москва, с. 84-322.

4. Patterson, A. D., Gonzalez, F. J., Perdew, G. H., and Peters, J. M. (2018) Molecular regulation of carcinogenesis: friend and foe, Toxicol. Sci., 165, 277-283, doi: 10.1093/toxsci/kfy185.

5. Linehan, W. M., and Ricketts, C. J. (2019) The Cancer Genome Atlas of renal cell carcinoma: findings and clinical implications, Nat. Rev. Urol., 16, 539-552, doi: 10.1038/s41585-019-0211-5.

6. Creighton, C. J. (2018) The clinical applications of The Cancer Genome Atlas project for bladder cancer, Expert Rev. Anticancer. Ther., 18, 973-980, doi: 10.1080/14737140.2018.1508999.

7. Bertucci, F., Ng, C. K., Patsouris, A., Droin, N., Piscuoglio, S., et al. (2019) Genomic characterization of metastatic breast cancers, Nature, 569, 560-564, doi: 10.1038/s41586-019-1056-z.

8. Yuan, Y., Ju, Y. S., Kim, Y., Li, J., Wang, Y., Yoon, C. J., Yang, Y., Martincorena, I., Creighton, C. J., Weinstein, J. N., Xu, Y., Han, L., Kim, H. L., Nakagawa, H., Park, K., Campbell, P. J., Liang, H., and PCAWG Consortium. (2020) Comprehensive molecular characterization of mitochondrial genomes in human cancers, Nat. Genet., 52, 342-352, doi: 10.1038/s41588-019-0557-x.

9. Biegel, J. A., Busse, T. M., and Weissman, B. E. (2014) SWI/ SNF chromatin remodeling complexes and cancer, Am. J. Med. Genet. C Semin. Med. Genet., 166, 350-366, doi: 10.1002/ajmg.c.31410.

10. Cancer Genome Atlas Research Network, Linehan, W. M., Spellman, P. T., Ricketts, C. J., Creighton, C. J., et al. (2016) Comprehensive molecular characterization of papillary renal-cell carcinoma, N. Engl. J. Med., 374, 135-145, doi: 10.1056/NEJMoa1505917.

11. Gui, Y., Guo, G., Huang, Y., Hu, X., Tang, A., et al. (2011) Frequent mutations of chromatin remodeling genes in transitional cell carcinoma of the bladder, Nat. Genet., 43, 875-878, doi: 10.1038/ng.907.

12. Maleszewska, M., Wojtas, B., and Kaminska, B. (2018) Deregulation of epigenetic mechanisms in cancer, Postepy Biochem., 64, 148-156, doi: 10.18388/pb.2018_125.

13. Kalish, J. M., Jiang, C., and Bartolomei, M. S. (2014) Epigenetics and imprinting in human disease, Int. J. Dev. Biol., 58, 291-298, doi: 10.1387/ijdb.140077mb.

14. Thomas, M. L., and Marcato, P. (2018) Epigenetic modifications as biomarkers of tumor development, therapy response, and recurrence across the Cancer Care Continuum, Cancers (Basel), 10, E101, doi: 10.3390/cancers10040101.

15. Ding, L., Gu, H., Xiong, X., Ao, H., Cao, J., Lin, W., Yu, M., Lin, J., and Cui, Q. (2019) MicroRNAs involved in carcinogenesis, prognosis, therapeutic resistance and applications in human triple-negative breast cancer, Cells, 8, E1492, doi: 10.3390/cells8121492.

16. Kaminska, K., Nalejska, E., Kubiak, M., Wojtysiak, J., Zolna, L., Kowalewski, J., and Lewandowska, M. A. (2019) Prognostic and predictive epigenetic biomarkers in oncology, Mol. Diagn. Ther., 23, 83-95, doi: 10.1007/s40291-018-0371-7.

17. Gazdzicka, J., Golabek, K., Strzelczyk, J. K., and Ostrowska, Z. (2020) Epigenetic modifications in head and neck cancer, Biochem. Genet., 58, 213-244, doi: 10.1007/s10528-019-09941-1.

18. Cozma, A., Fodor, A., Vulturar, R., Sitar-Taut, A. V., Orasan, O. H., Muresan, F., Login, C., and Suharoschi, R. (2019) DNA methylation and micro-RNAs: the most recent and relevant biomarkers in the early diagnosis of hepatocellular carcinoma, Medicina (Kaunas), 55, E607, doi: 10.3390/medicina55090607.

19. Begolli, R., Sideris, N., and Giakountis, A. (2019) LncRNAs as chromatin regulators in cancer: from molecular function to clinical potential, Cancers (Basel), 11, E1524, doi: 10.3390/cancers11101524.

20. Cossu, A. M., Mosca, L., Zappavigna, S., Misso, G., Bocchetti, M., De Micco, F., Quagliuolo, L., Porcelli, M., Caraglia, M., and Boccellino, M. (2019) Long non-coding RNAs as important biomarkers in laryngeal cancer and other head and neck tumours, Int. J. Mol. Sci., 20, E3444, doi: 10.3390/ijms20143444.

21. Siddiqui, H., Al-Ghafari, A., Choudhry, H., and Al Doghaither, H. (2019) Roles of long non-coding RNAs in colorectal cancer tumorigenesis: a review, Mol. Clin. Oncol., 11, 167-172, doi: 10.3892/mco.2019.1872.

22. Xiao, Y., Su, M., Ou, W., Wang, H., Tian, B., Ma, J., Tang, J., Wu, J., Wu, Z., Wang, W., and Zhou, Y. (2019) Involvement of noncoding RNAs in epigenetic modifications of esophageal cancer, Biomed. Pharmacother., 117, 109192, doi: 10.1016/j.biopha.2019.109192.

23. Feinberg, A. P., Koldobskiy, M. A., and Gondor, A. (2016) Epigenetic modulators, modifiers and mediators in cancer aetiology and progression, Nat. Rev. Genet., 17, 284-299, doi: 10.1038/nrg.2016.13.

24. Bouras, E., Karakioulaki, M., Bougioukas, K. I., Aivaliotis, M., Tzimagiorgis, G., and Chourdakis, M. (2019) Gene promoter methylation and cancer: an umbrella review, Gene, 710, 333-340, doi: 10.1016/j.gene.2019.06.023.

25. Mendelsohn, J., Howley, P. M., Thompson, C. B., Gray, J. W., and Israel, M. A. (2014) The Molecular Basis of Cancer (4th Edn.), Saunders-Elsevier Inc., Philadelphia.

26. Sang, Y., and Deng, Y. (2019) Current insights into the epigenetic mechanisms of skin cancer, Dermatol. Ther., 32, e12964, doi: 10.1111/dth.12964.

27. Quintanal-Villalonga, A., and Molina-Pinelo, S. (2019) Epigenetics of lung cancer: a translational perspective, Cell. Oncol. (Dordr)., 42, 739-756, doi: 10.1007/s13402-019-00465-9.

28. Costa-Pinheiro, P., Montezuma, D., Henrique, R., and Jeronimo, C. (2015) Diagnostic and prognostic epigenetic biomarkers in cancer, Epigenomics, 7, 1003-1015, doi: 10.2217/epi.15.56.

29. Gazdzicka, J., Golabek, K., Strzelczyk, J. K., and Ostrowska, Z. (2020) Epigenetic modifications in head and neck cancer, Biochem. Genet., 58, 213-244, doi: 10.1007/s10528-019-09941-1.

30. Porten, S. P. (2018) Epigenetic alterations in bladder cancer, Curr. Urol. Rep., 19, 102, doi: 10.1007/s11934-018-0861-5.

31. Martinez, V. G., Munera-Maravilla, E., Bernardini, A., Rubio, C., Suarez-Cabrera, C., Segovia, C., Lodewijk, I., Duenas, M., Martinez-Fernandez, M., and Paramio, J. M. (2019) Epigenetics of bladder cancer: where biomarkers and therapeutic targets meet, Front. Genet., 10, 1125, doi: 10.3389/fgene.2019.01125.

32. Linehan, W. M., and Ricketts, C. J. (2019) The Cancer Genome Atlas of renal cell carcinoma: findings and clinical implications, Nat. Rev. Urol., 16, 539-552, doi: 10.1038/s41585-019-0211-5.

33. Михайленко Д. С., Залетаев Д. В. (2013) Молекулярно-генетическая диагностика в онкоурологии, LAP Lambert Academic Publishing, Saarbrucken.

34. Yamashita, K., Hosoda, K., Nishizawa, N., Katoh, H., and Watanabe, M. (2018) Epigenetic biomarkers of promoter DNA methylation in the new era of cancer treatment, Cancer Sci., 109, 3695-3706, doi: 10.1111/cas.13812.

35. Bhat, S. A., Majid, S., Wani, H. A., and Rashid, S. (2019) Diagnostic utility of epigenetics in breast cancer – a review, Cancer Treat. Res. Commun., 19, 100125, doi: 10.1016/j.ctarc.2019.100125.

36. Kumar, R., Paul, A. M., Rameshwar, P., and Pillai, M. R. (2019) Epigenetic dysregulation at the crossroad of women’s cancer, Cancers (Basel), 11, E1193, doi: 10.3390/cancers11081193.

37. Ahmed, A. A., and Essa, M. E. (2019) Potential of epigenetic events in human thyroid cancer, Cancer Genet., 239, 13-21, doi: 10.1016/j.cancergen.2019.08.006.

38. Ebrahimi, V., Soleimanian, A., Ebrahimi, T., Azargun, R., Yazdani, P., Eyvazi, S., and Tarhriz, V. (2020) Epigenetic modifications in gastric cancer: focus on DNA methylation, Gene, 742, 144577, doi: 10.1016/j.gene.2020.144577.

39. Guo, M., Peng, Y., Gao, A., Du, C., and Herman, J. G. (2019) Epigenetic heterogeneity in cancer, Biomark. Res., 7, 23, doi: 10.1186/s40364-019-0174-y.

40. Пальцев М. А., Залетаев Д. В. (2009) Системы генетических и эпигенетических маркеров в диагностике онкологических заболеваний, Изд-во «Медицина», Москва.

41. Couronne, L., Bastard, C., and Bernard, O. A. (2012) TET2 and DNMT3A mutations in human T-cell lymphoma, N. Engl. J. Med., 366, 95-96, doi: 10.1056/NEJMc1111708.

42. Ribeiro, A. F., Pratcorona, M., Erpelinck-Verschueren, C., Rockova, V., Sanders, M., Abbas, S., Figueroa, M. E., Zeilemaker, A., Melnick, A., Lowenberg, B., Valk, P. J., and Delwel, R. (2012) Mutant DNMT3A: a marker of poor prognosis in acute myeloid leukemia, Blood, 119, 5824-5831, doi: 10.1182/blood-2011-07-367961.

43. Celik, H., Mallaney, C., Kothari, A., Ostrander, E. L., Eultgen, E., Martens, A., Miller, C. A., Hundal, J., Klco, J. M., and Challen, G. A. (2015) Enforced differentiation of Dnmt3a-null bone marrow leads to failure with c-Kit mutations driving leukemic transformation, Blood, 125, 619-628, doi: 10.1182/blood-2014-08-594564.

44. Saito, Y., Kanai, Y., Nakagawa, T., Sakamoto, M., Saito, H., Ishii, H., and Hirohashi, S. (2003) Increased protein expression of DNA methyltransferase (DNMT) 1 is significantly correlated with the malignant potential and poor prognosis of human hepatocellular carcinomas, Int. J. Cancer, 105, 527-532, doi: 10.1002/ijc.11127.

45. Ibrahim, A. E., Arends, M. J., Silva, A. L., Wyllie, A. H., Greger, L., Ito, Y., Vowler, S. L., Huang, T. H., Tavare, S., Murrell, A., and Brenton, J. D. (2011) Sequential DNA methylation changes are associated with DNMT3B overexpression in colorectal neoplastic progression, Gut, 60, 499-508, doi: 10.1136/gut.2010.223602.

46. Han, M., Jia, L., Lv, W., Wang, L., and Cui, W. (2019) Epigenetic enzyme mutations: role in tumorigenesis and molecular inhibitors, Front. Oncol., 9, 194, doi: 10.3389/fonc.2019.00194.

47. Siraj, A. K., Pratheeshkumar, P., Parvathareddy, S. K., Bu, R., Masoodi, T., Iqbal, K., Al-Rasheed, M., Al-Dayel, F., Al-Sobhi, S. S., Alzahrani, A. S., Al-Dawish, M., and Al-Kuraya, K. S. (2019) Prognostic significance of DNMT3A alterations in Middle Eastern papillary thyroid carcinoma, Eur. J. Cancer, 117, 133-144, doi: 10.1016/j.ejca.2019.05.025.

48. Du, Q., Luu, P. L., Stirzaker, C., and Clark, S. J. (2015) Methyl-CpG-binding domain proteins: readers of the epigenome, Epigenomics, 7, 1051-1073, doi: 10.2217/epi.15.39.

49. Xu, J., Zhu, W., Xu, W., Cui, X., Chen, L., Ji, S., Qin, Y., Yao, W., Liu, L., Liu, C., Long, J., Li, M., and Yu, X. (2013) Silencing of MBD1 reverses pancreatic cancer therapy resistance through inhibition of DNA damage repair, Int. J. Oncol., 42, 2046-2052, doi: 10.3892/ijo.2013.1901.

50. Madzo, J., Liu, H., Rodriguez, A., Vasanthakumar, A., Sundaravel, S., Caces, D. B., Looney, T. J., Zhang, L., Lepore, J. B., Macrae, T., Duszynski, R., Shih, A. H., Song, C. X., Yu, M., Yu, Y., Grossman, R., Raumann, B., Verma, A., He, C., Levine, R. L., Lavelle, D., Lahn, B. T., Wickrema, A., and Godley, L. A. (2014) Hydroxymethyl-ation at gene regulatory regions directs stem/early progenitor cell commitment during erythropoiesis, Cell Rep., 6, 231-244, doi: 10.1016/j.celrep.2013.11.044.

51. Kaasinen, E., Kuismin, O., Rajamaki, K., Ristolainen, H., Aavikko, M., et al. (2019) Impact of constitutional TET2 haploinsufficiency on molecular and clinical phenotype in humans, Nat. Commun., 10, 1252, doi: 10.1038/s41467-019-09198-7.

52. Feng, Y., Li, X., Cassady, K., Zou, Z., and Zhang, X. (2019) TET2 function in hematopoietic malignancies, immune regulation, and DNA repair, Front. Oncol., 9, 210, doi: 10.3389/fonc.2019.00210.

53. Chang, Y. S., Huang, H. D., Yeh, K. T., and Chang, J. G. (2016) Genetic alterations in endometrial cancer by targeted next-generation sequencing, Exp. Mol. Pathol., 100, 8-12, doi: 10.1016/j.yexmp.2015.11.026.

54. Pivovarcikova, K., Agaimy, A., Martinek, P., Alaghehbandan, R., Perez-Montiel, D., Alvarado-Cabrero, I., Rogala, J., Kuroda, N., Rychly, B., Gasparov, S., Michalova, K., Michal, M., Hora, M., Pitra, T., Tuckova, I., Laciok, S., Mareckova, J., and Hes, O. (2019) Primary renal well-differentiated neuroendocrine tumour (carcinoid): next-generation sequencing study of 11 cases, Histopathology, 75, 104-117, doi: 10.1111/his.13856.

55. Kim, S. I., Lee, J. W., Lee, M., Kim, H. S., Chung, H. H., Kim, J. W., Park, N. H., Song, Y. S., and Seo, J. S. (2018) Genomic landscape of ovarian clear cell carcinoma via whole exome sequencing, Gynecol. Oncol., 148, 375-382, doi: 10.1016/j.ygyno.2017.12.005.

56. Zhu, X., and Li, S. (2018) TET2 inhibits tumorigenesis of breast cancer cells by regulating caspase-4, Sci. Rep., 8, 16167, doi: 10.1038/s41598-018-34462-z.

57. Barazeghi, E., Gill, A. J., Sidhu, S., Norlen, O., Dina, R., Palazzo, F. F., Hellman, P., Stalberg, P., and Westin, G. (2017) A role for TET2 in parathyroid carcinoma, Endocr. Relat. Cancer, 24, 329-338, doi: 10.1530/ERC-17-0009.

58. Xu, Y. P., Lv, L., Liu, Y., Smith, M. D., Li, W. C., Tan, X. M., Cheng, M., Li, Z., Bovino, M., Aube, J., and Xiong, Y. (2019) Tumor suppressor TET2 promotes cancer immunity and immunotherapy efficacy, J. Clin. Invest., 130, 4316-4331, doi: 10.1172/JCI129317.

59. Jin, Y., Shao, Y., Shi, X., Lou, G., Zhang, Y., Wu, X., Tong, X., and Yu, X. (2016) Mutational profiling of non-small-cell lung cancer patients resistant to first-generation EGFR tyrosine kinase inhibitors using next generation sequencing, Oncotarget, 7, 61755-61763, doi: 10.18632/oncotarget.11237.

60. Elgendy, M., Fusco, J. P., Segura, V., Lozano, M. D., Minucci, S., Echeveste, J. I., Gurpide, A., Andueza, M., Melero, I., Sanmamed, M. F., Ruiz, M. R., Calvo, A., Pascual, J. I., Velis, J. M., Minana, B., Valle, R. D., Pio, R., Agorreta, J., Abengozar, M., Colecchia, M., Brich, S., Renne, S. L., Guruceaga, E., Patino-Garcia, A., and Perez-Gracia, J. L. (2019) Identification of mutations associated with acquired resistance to sunitinib in renal cell cancer, Int. J. Cancer, 145, 1991-2001, doi: 10.1002/ijc.32256.

61. Coombs, C. C., Gillis, N. K., Tan, X., Berg, J. S., Ball, M., et al. (2018) Identification of clonal hematopoiesis mutations in solid tumor patients undergoing unpaired next-generation sequencing assays, Clin. Cancer Res., 24, 5918-5924, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-1201.

62. Drake, T. M., and Soreide, K. (2019) Cancer epigenetics in solid organ tumours: a primer for surgical oncologists, Eur. J. Surg. Oncol., 45, 736-746, doi: 10.1016/j.ejso.2019.02.005.

63. Zhao, Z., and Shilatifard, A. (2019) Epigenetic modifications of histones in cancer, Genome Biol., 20, 245, doi: 10.1186/s13059-019-1870-5.

64. Lee, J. J., Sholl, L. M., Lindeman, N. I., Granter, S. R., Laga, A. C., Shivdasani, P., Chin, G., Luke, J. J., Ott, P. A., Hodi, F. S., Mihm, M. C., Lin, J. Y., Werchniak, A. E., Haynes, H. A., Bailey, N., Liu, R., Murphy, G. F., and Lian, C. G. (2015) Targeted next-generation sequencing reveals high frequency of mutations in epigenetic regulators across treatment-naive patient melanomas, Clin. Epigenetics, 7, 59, doi: 10.1186/s13148-015-0091-3.

65. Beguelin, W., Popovic, R., Teater, M., Jiang, Y., Bunting, K. L., et al. (2013) EZH2 is required for germinal center formation and somatic EZH2 mutations promote lymphoid transformation, Cancer Cell, 23, 677-692, doi: 10.1016/j.ccr.2013.04.011.

66. Lewis, P. W., Muller, M. M., Koletsky, M. S., Cordero, F., Lin, S., Banaszynski, L. A., Garcia, B. A., Muir, T. W., Becher, O. J., and Allis, C. D. (2013) Inhibition of PRC2 activity by a gain-of-function H3 mutation found in pediatric glioblastoma, Science, 340, 857-861, doi: 10.1126/science.1232245.

67. Donaldson-Collier, M. C., Sungalee, S., Zufferey, M., Tavernari, D., Katanayeva, N., Battistello, E., Mina, M., Douglass, K. M., Rey, T., Raynaud, F., Manley, S., Ciriello, G., and Oricchio, E. (2019) EZH2 oncogenic mutations drive epigenetic, transcriptional, and structural changes within chromatin domains, Nat. Genet., 51, 517-528, doi: 10.1038/s41588-018-0338-y.

68. Baharudin, R., Tieng, F. Y., Lee, L. H., and Ab Mutalib, N. S. (2020) Epigenetics of SFRP1: the dual roles in human cancers, Cancers (Basel), 12, E445, doi: 10.3390/cancers12020445.

69. Ding, B., Yan, L., Zhang, Y., Wang, Z., Zhang, Y., Xia, D., Ye, Z., and Xu, H. (2019) Analysis of the role of mutations in the KMT2D histone lysine methyltransferase in bladder cancer, FEBS Open Bio., 9, 693-706, doi: 10.1002/2211-5463.12600.

70. Li, J., Tao, X., Shen, J., Liu, L., Zhao, Q., Ma, Y., Tao, Z., Zhang, Y., Ding, B., and Xiao, Z. (2019) The molecular landscape of histone lysine methyltransferases and demethylases in non-small cell lung cancer, Int. J. Med. Sci., 16, 922-930, doi: 10.7150/ijms.34322.

71. Gale, M., Sayegh, J., Cao, J., Norcia, M., Gareiss, P., Hoyer, D., Merkel, J. S., and Yan, Q. (2016) Screen-identified selective inhibitor of lysine demethylase 5A blocks cancer cell growth and drug resistance, Oncotarget, 7, 39931-39944, doi: 10.18632/oncotarget.9539.

72. Bemanian, V., Noone, J. C., Sauer, T., Touma, J., Vetvik, K., Soderberg-Naucler, C., Lindstrom, J. C., Bukholm, I. R., Kristensen, V. N., and Geisler, J. (2018) Somatic EP300-G211S mutations are associated with overall somatic mutational patterns and breast cancer specific survival in triple-negative breast cancer, Breast Cancer Res. Treat., 172, 339-351, doi: 10.1007/s10549-018-4927-3.

73. Duex, J. E., Swain, K. E., Dancik, G. M., Paucek, R. D., Owens, C., Churchill, M. E., and Theodorescu, D. (2018) Functional impact of chromatin remodeling gene mutations and predictive signature for therapeutic response in bladder cancer, Mol. Cancer Res., 16, 69-77, doi: 10.1158/1541-7786.MCR-17-0260.

74. M’Gagne, L., Boulay, K., Topisirovic, I., Huot, M. E., and Mallette, F. A. (2017) Oncogenic activities of IDH1/2 mutations: from epigenetics to cellular signaling, Trends Cell Biol., 27, 738-752, doi: 10.1016/j.tcb.2017.06.002.

75. Deng, L., Xiong, P., Luo, Y., Bu, X., Qian, S., Zhong, W., and Lv, S. (2018) Association between IDH1/2 mutations and brain glioma grade, Oncol. Lett., 16, 5405-5409, doi: 10.3892/ol.2018.9317.

76. Tan, D., and Lynch, H. T. (2013) Principles of Molecular Diagnostics and Personalized Cancer Medicine, Lippincott Wilkins/Wolters Kluwer, Philadelphia.

77. Wan, Y. C., Liu, J., and Chan, K. M. (2018) Histone H3 mutations in cancer, Curr. Pharmacol. Rep., 4, 292-300, doi: 10.1007/s40495-018-0141-6.

78. Klein, B. J., Krajewski, K., Restrepo, S., Lewis, P. W., Strahl, B. D., and Kutateladze, T. G. (2018) Recognition of cancer mutations in histone H3K36 by epigenetic writers and readers, Epigenetics, 13, 683-692, doi: 10.1080/15592294.2018.1503491.

79. Jia, F., Teer, J. K., Knepper, T. C., Lee, J. K., Zhou, H. H., He, Y. J., and McLeod, H. L. (2017) Discordance of somatic mutations between Asian and Caucasian patient populations with gastric cancer, Mol. Diagn. Ther., 21, 179-185, doi: 10.1007/s40291-016-0250-z.

80. Masliah-Planchon, J., Bieche, I., Guinebretiere, J. M., Bourdeaut, F., and Delattre, O. (2015) SWI/SNF chromatin remodeling and human malignancies, Annu. Rev. Pathol., 10, 145-171, doi: 10.1146/annurev-pathol-012414-040445.

81. Михайленко Д. С., Телешова М. В., Перепечин Д. В., Ефремов Г. Д., Качанов Д. Ю., Райкина Е. В., Бобрынина В. О., Лаврина С. Г., Митрофанова А. М., Коновалов Д. М., Варфоломеева С. Р., Алексеев Б. Я. (2017) Герминальные нонсенс-мутации в гене SMARCB1 у российских пациентов с рабдоидными опухолями почек, Онкоурология, 13, 14-19, doi: 10.17650/1726-9776-2017-13-2-14-19.

82. Михайленко Д. С., Телешова М. В., Ефремов Г. Д., Алексеев Б. Я. (2016) Мутации гена SMARCB1 в опухолях различной локализации, Альманах Клин. Мед., 44, 558-567, doi: 10.18786/2072-0505-2016-44-5-558-567.

83. Agaimy, A., Daum, O., Markl, B., Lichtmannegger, I., Michal, M., and Hartmann, A. (2016) SWI/SNF complex-deficient undifferentiated/rhabdoid carcinomas of the gastrointestinal tract: a series of 13 cases highlighting mutually exclusive loss of SMARCA4 and SMARCA2 and frequent co-inactivation of SMARCB1 and SMARCA2, Am. J. Surg. Pathol., 40, 544-553, doi: 10.1097/PAS.0000000000000554.

84. Wang, J., Xi, Z., Xi, J., Zhang, H., Li, J., Xia, Y., and Yi, Y. (2018) Somatic mutations in renal cell carcinomas from Chinese patients revealed by whole exome sequencing, Cancer Cell Int., 18, 159, doi: 10.1186/s12935-018-0661-5.

85. Hogner, A., Krause, H., Jandrig, B., Kasim, M., Fuller, T. F., Schostak, M., Erbersdobler, A., Patzak, A., and Kilic, E. (2018) PBRM1 and VHL expression correlate in human clear cell renal cell carcinoma with differential association with patient’s overall survival, Urol. Oncol., 36, 94.e1-94.e14, doi: 10.1016/j.urolonc.2017.10.027.

86. Wu, J. N., and Roberts, C. W. (2013) ARID1A mutations in cancer: another epigenetic tumor suppressor? Cancer Discov., 3, 35-43, doi: 10.1158/2159-8290.CD-12-0361.

87. Carril-Ajuria, L., Santos, M., Roldan-Romero, J. M., Rodriguez-Antona, C., and de Velasco, G. (2019) Prognostic and predictive value of PBRM1 in clear cell renal cell carcinoma, Cancers (Basel), 12, E16, doi: 10.3390/cancers12010016.

88. Katona, B. W., and Rustgi, A. K. (2017) Gastric cancer genomics: advances and future directions, Cell. Mol. Gastroenterol. Hepatol., 3, 211-217, doi: 10.1016/j.jcmgh.2017.01.003.

89. Yamamoto, H., Watanabe, Y., Maehata, T., Morita, R., Yoshida, Y., Oikawa, R., Ishigooka, S., Ozawa, S., Matsuo, Y., Hosoya, K., Yamashita, M., Taniguchi, H., Nosho, K., Suzuki, H., Yasuda, H., Shinomura, Y., and Itoh, F. (2014) An updated review of gastric cancer in the next-generation sequencing era: insights from bench to bedside and vice versa, World J. Gastroenterol., 20, 3927-3937, doi: 10.3748/wjg.v20.i14.3927.

90. Li, L., Li, M., Jiang, Z., and Wang, X. (2019) ARID1A mutations are associated with increased immune activity in gastrointestinal cancer, Cells, 8, E678, doi: 10.3390/cells8070678.

91. Wang, Y., Hoang, L., Ji, J. X., and Huntsman, D. G. (2020) SWI/SNF complex mutations in gynecologic cancers: molecular mechanisms and models, Annu. Rev. Pathol., 15, 467-492, doi: 10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012917.

92. Cheng, Y., He, C., Wang, M., Ma, X., Mo, F., Yang, S., Han, J., and Wei, X. (2019) Targeting epigenetic regulators for cancer therapy: mechanisms and advances in clinical trials, Signal Transduct. Target. Ther., 4, 62, doi: 10.1038/s41392-019-0095-0.

93. Chabanon, R. M., Morel, D., and Postel-Vinay, S. (2020) Exploiting epigenetic vulnerabilities in solid tumors: Novel therapeutic opportunities in the treatment of SWI/SNF-defective cancers, Semin. Cancer Biol., 61, 180-198, doi: 10.1016/j.semcancer.2019.09.018.

94. Bohl, S. R., Bullinger, L., and Rucker, F. G. (2018) Epigenetic therapy: azacytidine and decitabine in acute myeloid leukemia, Expert Rev. Hematol., 11, 361-371, doi: 10.1080/17474086.2018.1453802.

95. Lee, V., Wang, J., Zahurak, M., Gootjes, E., Verheul, H. M., Parkinson, R., Kerner, Z., Sharma, A., Rosner, G., De Jesus-Acosta, A., Laheru, D., Le, D. T., Oganesian, A., Lilly, E., Brown, T., Jones, P., Baylin, S., Ahuja, N., and Azad, N. (2018) A phase I trial of a guadecitabine (SGI-110) and irinotecan in metastatic colorectal cancer patients previously exposed to irinotecan, Clin. Cancer Res., 24, 6160-6167, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0421.

96. Giri, A. K., and Aittokallio, T. (2019) DNMT inhibitors increase methylation in the cancer genome, Front. Pharmacol., 10, 385, doi: 10.3389/fphar.2019.00385.

97. Loo Yau, H., Ettayebi, I., and De Carvalho, D. D. (2019) The cancer epigenome: exploiting its vulnerabilities for immunotherapy, Trends Cell Biol., 29, 31-43, doi: 10.1016/j.tcb.2018.07.006.

98. Berdasco, M., and Esteller, M. (2019) Clinical epigenetics: seizing opportunities for translation, Nat. Rev. Genet., 20, 109-127, doi: 10.1038/s41576-018-0074-2.

99. Park, J. W., and Han, J. W. (2019) Targeting epigenetics for cancer therapy, Arch. Pharm. Res., 42, 159-170, doi: 10.1007/s12272-019-01126-z.