БИОХИМИЯ, 2018, том 83, вып. 7, с. 1089–1095
Краткие сообщения
УДК 57.088.1
Новая метка для количественной ПЦР на основе синтетического аналога хромофора зеленого флуоресцентного белка*
Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, 117997 Москва, Россия; электронная почта: stakheev.aa@gmail.com
Поступила в редакцию 20.02.2018
После доработки 20.04.2018
DOI: 10.1134/S0320972518070126
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: количественная ПЦР, флуорофор, зонд, зеленый флуоресцентный белок, разгорание флуоресценции.
Аннотация
В настоящей работе впервые изучена возможность использования синтетического аналога хромофора зеленого флуоресцентного белка P-HOBDI-BF2 в качестве флуоресцентной метки для линейного гидролизуемого зонда, применяемого в количественной ПЦР. Исследование проведено на примере системы детекции фитопатогенного гриба Fusarium avenaceum с использованием плазмиды, содержащей фрагмент гена фактора элонгации трансляции 1α, в качестве матрицы. Для сравнительной оценки флуоресцентных характеристик P-HOBDI-BF2 использовали зонды, меченные двумя широко используемыми в настоящий момент для детекции на канале FAM красителями – 6-FAM и BDP-FL. Продемонстрировано, что синтетический краситель на основе хромофора P-HOBDI-BF2 может быть использован как флуоресцентная метка для гидролизуемых зондов, применяемых в количественной ПЦР, однако по своим флуорогенным свойствам они уступают аналогичным олигонуклеотидам, меченным 6-FAM. При этом чувствительность систем, основанных на использовании P-HOBDI-BF2, сохранялась на прежнем уровне, что в совокупности с допустимыми показателями флуоресценции позволяет считать исследуемый флуорофор возможной альтернативой соединениям, традиционно используемым в качестве флуоресцентных меток для детекции сигнала на канале FAM.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow) http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya, в рубрике «Papers in Press», BM18-043, 25.06.2018.
** Адресат для корреспонденции.