Индуцируемая система DamID для определения взаимодействий белка ядерной ламины Lamin B1 с хромосомами в клетках мыши

1 Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН, 630090 Новосибирск, Россия; электронная почта: kozhevnikova@mcb.nsc.ru

2 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН, 630090 Новосибирск, Россия

Поступила в редакцию 10.11.2017
После доработки 01.12.2017

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: индуцируемая система DamID, Lamin B1, CRISPR/Cas9, хроматин, эмбриональные фибробласты мыши.

Аннотация

На уровне организации ДНК в хроматин работают механизмы, определяющие профиль экспрессии генов в специализированных клетках. Гены в составе хроматина, который находится на периферии клеточного ядра, как правило, имеют сниженный уровень экспрессии, однако природа этого явления все еще не ясна. Такие районы хроматина взаимодействуют с белками ядерной ламины, например, с белком Lamin B1, и могут быть определены путем выявления (картирования) взаимодействий этих белков с геномной ДНК. В данном исследовании мы разработали и испытали систему Dam Identification (DamID), индуцируемую сайт-специфической рекомбиназой Cre, на примере белка Lamin B1 и культуры клеток эмбриональных фибробластов мыши. Эта система может быть применена для картирования взаимодействий белков хроматина с геномной ДНК в отдельных типах клеток и тканей животных. Преимущество подхода заключается в отсутствии необходимости физически выделять исследуемый тип клеток из ткани или ткань из органа, что обеспечивается применением специфических регуляторных элементов ДНК и высокой чувствительностью метода.

Текст статьи

Сноски

* Адресат для корреспонденции.