Связь горячих точек двухцепочечных разрывов в ДНК и механизмов регуляции транскрипции: форум-домены – 50–250 kb районы хромосом, содержащие координированно экспрессирующие гены

Обзор

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, 119334 Москва, Россия; электронная почта: tchurikov@eimb.ru

Поступила в редакцию 09.11.2017
После доработки 11.12.2017

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: эндогенные горячие точки двухцепочечных разрывов в ДНК (ДЦР), форум-домены, эпигенетика, координированная экспрессия, PARP1, HNRNPA2B1, хромосомный сайленсинг, 4С, межхромосомные контакты, гены рДНК, транслокации, ДНКаза I гиперчувствительные сайты, H3K4me3, H3K27ac, CTCF.

Аннотация

Приведены основные данные изучения форум-доменов, образованных горячими точками двухцепочечных разрывов в ДНК (ДЦР): их обнаружение в пульс-форезных гелях, полногеномное картирование с помощью глубокого секвенирования, анализ экспрессии генов в этих доменах, а также связывание ядерных белков на их границах. Представлены также ранее не опубликованные данные. Сформулирована гипотеза «игры на пианино», отражающая факты координированной активной транскрипции в малой части форум-доменов и координированного сайленсинга в большей их части. Кроме того, приведены данные о горячих точках ДЦР в кластерах генов рибосомных генов (рДНК) человека, которые наиболее активно транскрибируются в клетках и являются самыми хрупкими местами в хромосомах человека, и об их возможной связи с хромосомными транслокациями. Обоснована необходимость ревизии имеющихся данных о ДНКаза I гиперчувствительных сайтах в разных геномах, которые пока включают в себя и эндогенные разрывы в ДНК, имеющие другую природу.

Текст статьи

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.