Идентификация единичных аминокислотных замен в протеогеномике

Аннотация

Одной из задач протеогеномики, сочетающей данные высокопроизводительного анализа нуклеиновых кислот и белков, является надежная идентификация единичных аминокислотных замен – основного источника вариации геномов в их кодирующей части. Точное знание отклонений от консенсусного генома может использоваться в различных биомедицинских приложениях, например для оценки профиля экспрессии генома злокачественной опухоли, в исследовании механизмов гетерозиготности, для идентификации неоантигенов опухолей при разработке противораковых вакцин, для изучения редактирования матричной РНК на уровне белков и др. Получение этих знаний связано с обработкой больших массивов экспериментальных данных, нарабатываемых методами масс-спектрометрии высокого разрешения, в которых искомая информация о точечных изменениях последовательностей белков, зачастую, с трудом достижима. Соответственно, одной из наиболее существенных проблем является присутствие высокого уровня ложноположительных идентификаций пептидов с заменами в результатах протеогеномного анализа. В обзоре мы обсуждаем подходы, развиваемые в последние годы для корректной обработки протеомных данных, позволяющей проводить более надежную идентификацию единичных аминокислотных замен, в особенности с различе нием модификаций аминокислотных остатков, происходящими in vitro и in vivo. Оптимальные методы оценки уровня ложноположительных результатов сокращают приборное и вычислительное время на подтверждение значимых белковых идентификаций ортогональными методами.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: