БИОХИМИЯ, 2018, том 83, вып. 2, с. 251–258
УДК 577.152.161, 577.151.02
2,5-Дикетопиперазины: новый класс ингибиторов поли(ADP-рибозо)полимеразы*
1 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, 119991 Москва, Россия; электронная почта: vytas@belozersky.msu.ru
2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет биоинженерии и биоинформатики, 119991 Москва, Россия
3 Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН, 630090 Новосибирск, Россия
Поступила в редакцию 11.07.2017
После доработки 03.10.2017
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: дикетопиперазин, пиперазиндион, поли(ADP-рибозо)полимераза, ингибитор, молекулярное моделирование, докинг, молекулярная динамика.
Аннотация
Впервые показано, что природные 2,5-дикетопиперазины (циклические дипептиды) способны подавлять активность поли(ADP-рибозо)полимеразы (ПАРП), важной мишени для действия противоопухолевых препаратов. Цикло(L-Ala-L-Ala) и цикло(L-Ala-D-Ala) способны взаимодействовать с ключевыми остатками активного центра ПАРП-1, что продемонстрировано с использованием методов докинга и молекулярной динамики. Одна из амидных групп цикло(L-Ala-L-Ala) и цикло(L-Ala-D-Ala) образует водородные связи с остатком Gly863, в то время как вторая амидная группа может образовать водородную связь с каталитическим остатком Glu988, а боковой радикал – гидрофобный контакт с Ala898. Обнаруженные ингибиторы из класса 2,5-дикетопиперазинов являются перспективными базовыми структурами для создания более эффективных ингибиторов ферментов семейства ПАРП. Пиперазиновое ядро с двумя хиральными центрами предоставляет широкие возможности для структурной оптимизации.
Текст статьи
Сноски
* Приложение к статье на английском языке опубликовано на сайте журнала «Biochemistry» (Moscow) и на сайте издательства Springer (Link.springer.com), том 83, вып. 2, 2017.
** Адресат для корреспонденции.