БИОХИМИЯ, 2017, том 82, вып. 8, с. 1199–1208
УДК 577.217.347:57.052.2:544.165:51-76
Взаимодействие фенилаланинового С20 производного тилозина с рибосомным туннелем
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: рибосома, моделирование, антибиотики, тилозин, молекулярная динамика.
Аннотация
Антибиотики — макролиды подавляют биосинтез белка на рибосоме, связываясь с ее туннелем. Тилозин, принадлежащий к группе 16-членных макролидов, является сильным ингибитором трансляции, чья активность в значительной степени обусловлена обратимым ковалентным связыванием его альдегидной группы с основанием A2062 в 23S рибосомной РНК. Известно, что восстановление альдегидной группы тилозина до метильной или карбинольной резко понижает его ингибирующую активность. В то же время ранее нами были получены производные тилозина, имеющие сопоставимую с ним активность, несмотря на то, что альдегидная группа тилозина в этих соединениях модифицирована аминокислотным или пептидным заместителем. Детали взаимодействия таких соединений с рибосомой, лежащие в основе их высокой ингибирующей активности, оставались неизвестными. Методами молекулярно-динамического моделирования была определена наиболее вероятная структура комплекса производного тилозина, замещенного по положению 20 остатком этилового эфира 2-имино(окси)ацетилфенилаланина с туннелем рибосомы E. coli, которая позволяет объяснить его высокую биологическую активность.