БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 10, с. 1410–1426
УДК 577.15: 544.3
Термодинамический анализ быстропротекающих стадий специфического узнавания повреждений ферментами репарации ДНК
Обзор
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090 Новосибирск, Россия; электронная почта: nikita.kuznetsov@niboch.nsc.ru, fedorova@niboch.nsc.ru
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: термодинамика, предстационарная кинетика, ДНК-гликозилаза, АР-эндонуклеаза, повреждения ДНК, эксцизионная репарация ДНК.
Аннотация
Для ферментативных процессов, протекающих в ходе эксцизионной репарации ДНК (BER, base excision repair) с участием ДНК-гликозилаз и АР-эндонуклеазы, описана процедура определения термодинамических параметров быстропротекающих стадий узнавания и превращения субстратов. Для этого используются данные предстационарной кинетики, получаемые методом остановленной струи с регистрацией изменений интенсивности флуоресценции остатков триптофана белков и флуорофоров в ДНК-субстратах при разных температурах. Эти данные позволяют рассчитывать изменения стандартной свободной энергии Гиббса, энтальпии и энтропии последовательных стадий ферментативного процесса, а также образования переходного состояния в каталитической стадии. Найдены общие закономерности протекания стадий поиска и узнавания поврежденных участков ДНК разными ферментами системы BER.