БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 9, с. 1232–1238
УДК 575.852'112
Пластидный геном Seseli montanum: полная последовательность и сравнение с пластомами других представителей семейства Apiaceae
1 НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, 119991 Москва, Россия; факс: +7(495)939-0338, электронная почта: samigul@belozersky.msu.ru, maria.log@gmail.com, vallejo@genebee.msu.ru
2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический факультет, 119991 Москва, Россия; электронная почта: el.terenteva@mail.ru, degavi@mail.ru
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: пластидный геном, сравнительный анализ геномов, Seseli montanum, Apiaceae.
Аннотация
Определена полная последовательность пластидного генома Seseli montanum L. семейства Apiaceae методом высокопроизводительного секвенирования. Полная последовательность генома была депонирована в GenBank под номером KM035851. Длина пластома S. montanum составляет 147 823 п.н. Пластидный геном имеет типичную для покрытосеменных структуру: большую однокопийную область (LSC) размером 92 620 п.н. и малую однокопийную область (SSC) размером 17 481 п.н., разделенные двумя инвертированными повторами (IRa и IRb) по 18 861 п.н. Состав, порядок генов и AT-состав пластома Seseli montanum типичны для цветковых растений: всего были идентифицированы 114 уникальных генов, среди которых 30 генов тРНК, 4 гена рРНК и 80 белок-кодирующих генов. Восемнадцать генов имеют интроны: 16 содержат один интрон, два гена (ycf3, clpP) – два интрона. Проведенный сравнительный анализ структуры пластидных геномов Apiaceae показал, что у пластома S. montanum в результате смещения границы LSC/IRb большая часть гена ycf2 (4980 п.н.) локализована в LSC, а часть гена длиной 1301 п.н. остается внутри границ инвертированного повтора. Таким образом, в результате структурных перестроек пластома S. montanum происходит увеличение LSC за счет включения в ее состав большей части гена ycf2, в отличие от пластомов восьми зонтичных, у которых ген ycf2 целиком входит в инвертированный повтор.