БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 4, с. 580–584
УДК 577.29
Новая программа для выявления геометрического ядра набора структур комплексов макромолекул
1 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет биоинженерии и биоинформатики, 119991 Москва; факс: +7(495)939-4195
2 НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, 119991 Москва; факс: +7(495)939-3181, электронная почта: sas@belozersky.msu.ru
3 ФНЦ НИИ системных исследований РАН, 117218 Москва; факс: +7(495)719-7681
4 Центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава РФ, 123098 Москва; факс: +7(495)193-6183
5 ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, 127550 Москва
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: структурная биоинформатика, структуры макромолекул, комплексы макромолекул, веб-интерфейс.
Аннотация
Сравнительный анализ структур гомологичных белков часто помогает выявить функционально важные особенности этих структур. Это относится не только к структурам отдельных молекул белка, но и к структурам макромолекулярных комплексов. В частности, сравнительный анализ структур комплексов гомологичных белков с ДНК важен для анализа узнавания ДНК белками. Мы представляем программу LCore, предназначенную для поиска геометрического ядра семейства структур, т.е. набора аминокислотных и нуклеотидных остатков, сходным образом расположенных во всех структурах семейства. Описан алгоритм программы, веб-интерфейс к ней и пример ее применения для сравнительного анализа комплексов гомеодоменов с ДНК.