БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 4, с. 538–547
УДК 577.217.347:577.112.6:577.182.46
Взаимодействие трипептидных аналогов хлорамфеникола с рибосомой
1 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, химический факультет, 119991 Москва
2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, 119991 Москва; электронная почта: sumbtyan@belozersky.msu.ru
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: рибосома, «стоп-пептиды», хлорамфеникол, пептидные производные, рибосомный туннель.
Аннотация
Осуществлен синтез пептидных производных хлорамфениколамина, содержащих в структуре трипептидные фрагменты регуляторных «стоп-пептидов»: MRL, IRA, IWP. Способность полученных соединений к образованию комплексов с рибосомами изучена по вытеснению ими флуоресцентного аналога эритромицина из его комплексов с рибосомами E. coli. Показано, что пептидные аналоги хлорамфеникола способны связываться с бактериальными рибосомами, и константы диссоциации их комплексов лежат в диапазоне 4,3–10 мкМ, что на два порядка меньше соответствующей константы для комплекса хлорамфениколамина с рибосомой E. coli. С помощью молекулярного докинга проведено моделирование взаимодействия полученных пептидных аналогов хлорамфеникола с рибосомой и выявлены наиболее вероятные контакты «стоп-пептидов» с элементами рибосомного туннеля.