БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 1, с. 106–114
УДК 577.182.62;577.217.347
Моделирование взаимодействий производных эритромицина с рибосомой
1 НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, электронная почта: korsh@genebee.msu.ru
2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, химический факультет, 119991, Москва; факс: +7(495)939-3181
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: рибосомный туннель, макролиды, эритромицин, моделирование.
Аннотация
Методом статического моделирования осуществлен дизайн ряда аналогов эритромицина А, содержащих в структуре альдегидные группы, введенные вместо одного из метильных заместителей в положение 3′-N антибиотика и потенциально способные образовывать ковалентную связь с аминогруппой одного из нуклеотидных остатков 23S рРНК в рибосомном туннеле. Подобное взаимодействие наблюдается для антибиотиков тилозинового ряда, которые очень прочно связываются с большой субъединицей рибосомы и обладают высокой антибактериальной активностью. Связывание новых производных эритромицина с бактериальной рибосомой изучено методом поляризации флуоресценции. Показано, что наилучшим связыванием обладает аналог эритромицина, содержащий в 3′-N-положении 1-метил-3-оксопропильную группу. По способности ингибировать биосинтез белка он находится на уровне эритромицина и значительно превосходит дезметилэритромицин. Для объяснения наблюдаемых эффектов проведено молекулярно-динамическое моделирование комплексов полученных производных с рибосомой.