БИОХИМИЯ, 2016, том 81, вып. 1, с. 92–105
УДК 577.112.7;577.112.083
Протеомный анализ белковых фракций бактерии Escherichia coli, устойчивых к солюбилизации ионными детергентами
1 Санкт-Петербургский государственный университет, 199034 Санкт-Петербург; факс: +7(812)428-773, электронная почта: ant.nizhnikov@gmail.com
2 Санкт-Петербургский филиал Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, 199034 Санкт-Петербург
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: амилоид, прион, E. coli, фимбрия, курлин, амилоидомика.
Аннотация
Амилоидами называют белковые фибриллы, обладающие кросс-бета-структурой, которые могут быть как патогенными, так и функциональными. У прокариот известно несколько групп функциональных амилоидов, однако все они были выявлены путем адресных подходов, которые не позволяли оценить всю совокупность амилоидов в клетке. В настоящей работе при помощи ранее разработанного нами метода PSIA (Proteomic Screening and Identification of Amyloids) проведен протеомный скрининг кандидатов на роль новых амилоидформирующих белков у одного из важнейших модельных и биотехнологических объектов – бактерии Escherichia coli. В результате идентифицирован 61 белок, входящий в состав фракций, устойчивых к обработке ионными детергентами. Доля белков, содержащих потенциально амилоидогенные участки, предсказываемые биоинформатическими алгоритмами, среди идентифицированных белков в 3–5 раз выше, чем доля таких белков во всем протеоме E. coli. Почти все идентифицированные белки содержат потенциально амилоидогенные участки, а четыре из них (BcsC, MukB, YfbK и YghJ) – участки, обогащенные аспарагином и глутамином, что является важной особенностью многих известных амилоидов. В настоящем исследовании на протеомном уровне впервые продемонстрирована связь устойчивости белков к обработке детергентами с наличием в их последовательностях потенциально амилоидогенных участков, предсказываемых биоинформатически. Полученные данные открывают перспективы для детальной характеристики совокупности амилоидформирующих белков (амилоидома) бактериальной клетки.