БИОХИМИЯ, 2015, том 80, вып. 11, с. 1683–1687
УДК 577.29
StructAlign – программа для выравнивания структур ДНК-белковых комплексов
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: структурная биоинформатика, ДНК-белковые комплексы, выравнивание, веб-интерфейс.
Аннотация
Сравнительный анализ структур комплексов гомологичных белков с ДНК важен для анализа узнавания ДНК белками. Необходимый этап сравнительного анализа – выравнивание, т.е. установление соответствия аминокислотных остатков и нуклеотидов одного комплекса аминокислотным остаткам и нуклеотидам другого. В настоящий момент доступных программ для выравнивания структур ДНК-белковых комплексов не существует. Мы представляем программу StructAlign, которая призвана заполнить этот пробел. В качестве входных данных программа принимает две структуры комплексов двойной спирали ДНК с белками и выдает выравнивание цепей ДНК, отвечающее наилучшему пространственному совмещению цепей белка.