БИОХИМИЯ, 2015, том 80, вып. 3, с. 348–357
УДК 577.322.5
Стратификация центров присоединения хондроитинсульфата к ферменту на 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы и эффективный размер гликозаминогликановой оболочки модифицированного белка
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: бычья тестикулярная гиалуронидаза, пространственная структура, хондроитинсульфат, модификация остатков лизина, конъюгат гиалуронидаза–хондроитинсульфат, степень модификации, хондроитинсульфатная оболочка.
Аннотация
Используя в качестве прототипа установленную пространственную структуру гиалуронидазы человека, была построена in silico методом молекулярного гомологичного моделирования 3D-структура бычьей тестикулярной гиалуронидазы (БТГ). Ее анализ обнаружил наличие стратификации остатков лизина при модификации фермента. Моделируя ковалентное связывание с ними активированных бензохиноном звеньев хондроитинсульфата (ХС), была получена 3D-структура модифицированной ХС БТГ (БТГ–ХС). При этом варьировалась как степень модификации фермента, так и размер ковалентно присоединенных к нему цепей ХС. Показана значимость глубоких степеней модификации БТГ для получения активных и стабильных ферментных производных, установленная ранее экспериментально. Подтвержден эффективный размер ХС-оболочки для продуктивной модификации БТГ. Теоретически он достигается при увеличении молекулярной массы производного БТГ–ХС до 140–180 кДа и может быть практически получен, согласно экспериментальным данным, с использованием ХС разной молекулярной массы (как 30–50, так и 120–140 кДа).