БИОХИМИЯ, 2014, том 79, вып. 7, с. 888–900
УДК 577.218,577.29
Рибонуклеопротеиновые частицы фага MS2 как экзогенный внутренний контроль для нормирования данных ОТ-ПЦР в исследовании экспрессии генов развивающегося мозга крысы
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: нормирование данных ПЦР, ПЦР в реальном времени, гены сравнения, гены домашнего хозяйства, экзогенный внутренний контроль, рибонуклеопротеиновые частицы, преждевременно стареющие крысы OXYS.
Аннотация
Наиболее популярная стратегия нормирования данных обратной транскрипции и ПЦР (ОТ-ПЦР) включает их представление в сравнении с экспрессией генов домашнего хозяйства. Однако соответствие выбранных генов сравнения требованиям стабильности их экспрессии в условиях эксперимента не всегда соблюдается. Как альтернативу мы использовали рибонуклеиновые фаговые частицы в качестве экзогенного внутреннего контроля и показали, что этот способ нормирования обеспечивает простой и надежный метод количественной оценки в экспериментах ОТ-ПЦР. Применяя основанное на фаговых частицах нормирование, мы проанализировали уровень мРНК трех популярных генов домашнего хозяйства, кодирующих β-актин (Actb), глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу (Gapdh) и рибосомный белок L30 (Rpl30), и показали сильную вариабельность их экспрессии на ранних этапах развития мозга крысы, что свидетельствует о непригодности этих генов как контроля при изучении экспрессии генов в развивающемся мозге крысы ни по отдельности, ни в сочетании друг с другом. Используя основанный на фаговых частицах контроль, мы показали как межлинейные различия, так и связанные с возрастом изменения в экспрессии генов биосинтеза и деградации протеогликанов в развивающемся мозге преждевременно стареющих крыс линии OXYS и контрольной линии Вистар.