БИОХИМИЯ, 2014, том 79, вып. 7, с. 809–820
УДК 577.218
Катион-пи взаимодействия в зонах контакта РНК с белками
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: катион-пи взаимодействия, зона контакта РНК с белком, зависимость от последовательности и структуры, электростатическая энергия, аb initio.
Аннотация
Катион-пи взаимодействия играют важную роль при образовании белковых комплексов и комплексов белков с лигандами. В настоящей работе были проанализированы катион-пи взаимодействия в 282 различных зонах контакта РНК с белком. Согласно результатам статистического анализа такие взаимодействия обнаруживаются в 65% зон контакта. По склонности к участию в катион-пи взаимодействиях четыре основания РНК располагаются в следующем порядке: Gua > Ade > Ura > Cyt. Аминокислоты, вовлеченные во взаимодействия, располагаются следующим образом: Arg > Lys > Asn > Gln. Аналогичное распределение было получено в результате эмпирических расчетов энергии. Пара Arg–Gua обладает наибольшей стабильностью и чаще всего встречается. Число катион-пи пар с участием неспаренных оснований в 2,5 раза больше числа пар с участием спаренных оснований, то есть катион-пи взаимодействия зависят от последовательности и структуры компонентов. У бициклических оснований Gua и Ade пятичленные кольца участвуют в катионпи взаимодействиях немного чаще, чем шестичленные кольца (в 54 и 46% случаев соответственно) за счет участия в катион-пи взаимодействиях (63%) пятичленных колец спаренных оснований. Полученные в этой работе данные дают общее представление о катион-пи взаимодействиях в зоне контакта РНК с белком и способствуют пониманию механизма специфического узнавания между РНК и белками.