БИОХИМИЯ, 2014, том 79, вып. 1, с. 49–56
УДК 577.217
Линейная структура центральной части точки начала репликации ДНК AMPD2 локуса млекопитающих
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: участки внутренних изгибов ДНК, точки начала репликации ДНК, амплифицированный домен гена AMPD2 млекопитающих.
Аннотация
Идентификация консенсусных нуклеотидных последовательностей точек начала репликации у млекопитающих представляет собой сложную противоречивую задачу. Согласно одной из интересных гипотез, локальная топология ДНК может играть роль при ее узнавании белковыми факторами репликации. Элементы вторичной структуры ДНК, в том числе внутренние изгибы ДНК, легко выявить, и они могут являться признаком специфической структуры в пределах или рядом с точками начала репликации млекопитающих. В данной работе при помощи анализа in silico и метода циклической перестановки проведено полное картирование участков внутренних изгибов ДНК (IBDS, the intrinsically bent DNA sites) в точках начала репликации oriGNAI3, oriC, oriB и oriA амплифицированного домена гена AMPD2 млекопитающих. Полученные результаты свидетельствуют о том, что каждая точка начала репликации содержит сайт IBDS, фланкирующий ее центральный участок. Кроме того, согласно in silico анализу расположения нуклеосом, центр IBDS находится в участке, свободном от нуклеосом (NFR, nucleosome-free region). В статье рассмотрены структуры каждого из этих участков искривления ДНК, а также их геометрические параметры и топология. Представленные в настоящей статье данные указывают на то, что точка начала репликации oriGNAI3, преимущественно использующаяся для инициации репликации в амплифицированном домене AMPD2, является единственной, в которой обнаружен прямой узкий участок, фланкированный с обеих сторон двумя участками внутреннего изгиба ДНК на небольшом расстоянии (~300 пар нуклеотидов, п.н.). Однако во всех точках начала репликации был обнаружен как минимум один IBDS, расположенный в участке, свободном от нуклеосом. Эти результаты указывают на то, что структурные особенности могут рассматриваться как характерные черты точек начала репликации у млекопитающих, следовательно, последние могут быть идентифицированы и охарактеризованы.