БИОХИМИЯ, 2013, том 78, вып. 4, с. 522–532
УДК 577.354.25
Исследование конформационной динамики лиганд-активируемых мембранных рецепторов методом анализа главных компонент
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: динамика, конформация, мембранные белки, рентген кристаллография, метод главных компонент, PCA, структурная биоинформатика.
Аннотация
В работе проведено сравнительное исследование структурной динамики трех различных гормон-активируемых G-белок сопряженных рецепторов (GPCR) фотоактивируемого рецептора родопсина млекопитающих. В результате, получены диаграммы, характеризующие основные структурные различия между исследованными мембранными рецепторами. Эти графики представляют собой проекцию кристаллографических структур фотоинтермедиатов родопсина и гормон-активируемых рецепторов на плоскость первых «главных компонент». Таким образом, процесс активации исследованных рецепторов удалось связать с наблюдаемыми крупномасштабными движениями их отдельных трансмембранных (ТМ) доменов. Кроме того, была исследована динамика внеклеточных петель, ответственных за узнавание, а также первоначальное связывание лигандов гормон-активируемых рецепторов. На основании полученных результатов можно детально анализировать функционально-значимую структурную динамику мембранных рецепторов одновременно по двум параметрам: движению отдельных ТМ спиралей, а также внеклеточных петель.