Кинетические закономерности взаимодействия AP-эндонуклеазы 1 из Saccharomyces cerevisiae с ДНК-субстратами

1 Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

2 Новосибирский государственный университет

3 Groupe «Rеparation de l’ADN», Universitе Paris Sud, Laboratoire «Stabilitе Gеnеtique et Oncogenеse» CNRS, UMR 8200, Institut de Cancеrologie Gustave Roussy

4 Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht University

Поступила в редакцию 26.03.2012
После доработки 23.05.2012

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: Apn1, эксцизионная репарация олигонуклеотидов, метод «остановленной струи», 2-аминопурин, пирролоцитозин.

Аннотация

Апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза из дрожжей <уь>Saccharomyces cerevisiae Apn1 – один из ключевых ферментов, участвующих в эксцизионной репарации оснований (ЭРО). Основная функция данного фермента заключается в расщеплении фосфодиэфирной связи с 5′-стороны от апуринового/апиримидинового сайта (АР-сайта) в двуцепочечной ДНК, приводя к образованию одноцепочечного разрыва с 3′-гидроксильным и 5′-дезоксирибозофосфатным концами. В настоящей работе исследовали конформационную динамику ДНК-субстратов в ходе взаимодействия с Apn1 и кинетический механизм данного процесса. Для этого использовали метод «остановленной струи» с регистрацией интенсивности флуоресценции остатков 2-аминопурина и пирролоцитозина, содержащихся по соседству или напротив повреждения. Обнаружено, что обе цепи ДНК претерпевают ряд быстрых изменений при взаимодействии с Apn1, а положение флуоресцентных аналогов оснований в цепи ДНК не влияет на каталитическую стадию реакции, катализируемой Apn1. Сравнение полученных данных для Apn1 с имеющимися в литературе для человеческой Аре1 [1] обнаружило различия в их взаимодействии с ДНК-субстратами.

Текст статьи

Сноски

* Адресат для корреспонденции.