Сравнение экспериментальных и теоретических данных по водородно-дейтериевому обмену для десяти глобулярных белков

Аннотация

Сделаны предсказания числа протонов, способных к водородно-дейтериевому обмену, для десяти глобулярных белков ранее разработанным авторами методом. С помощью масс-спектрометрии для этих белков измерено среднее число протонов, замещенных на дейтерий в белковых молекулах, находящихся в нативных конформациях. На основании экспериментальных данных сделан вывод о том, что обе ранее предложенные авторами модели согласуются между собой в оценке количества протонов, замещенных на дейтерий. При использовании шкалы вероятности образования водородных связей число протонов, способных к водородно-дейтериевому обмену оказалось близким к экспериментальным результатам длительной инкубации в D₂O (24 ч). В то же время шкала ожидаемых контактов в глобулярных белках лучше согласуется с результатами кратковременной инкубации в D₂O (15 мин). Таким образом, первая модель позволяет определить слабо флуктуирующие участки, которые кратковременно контактируют с растворителем, в то время как вторая модель (шкала ожидаемых контактов) предсказывает либо подвижные участки цепи, экспонированные на поверхность глобулы, либо неструктурированные участки белковой цепи.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: