БИОХИМИЯ, 2012, том 77, вып. 5, с. 648–656
УДК 577.24
Взаимодействие факторов эксцизионной репарации нуклеотидов с ДНК, содержащей объемное повреждение и апуриновый/апиримидиновый сайт*
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
Поступила в редакцию 24.02.2012
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: факторы эксцизионной репарации нуклеотидов, объемные повреждения, апуриновые/апиримидиновые сайты, аффинная модификация, ДНК-белковые комплексы.
Аннотация
Исследовано взаимодействие белков, участвующих в эксцизионной репарации нуклеотидов (XPC–HR23b, RPA и XPA), с 48-мерными ДНК-дуплексами, содержащими флуоресцеинзамещенное производное dUMP (5-{3-[6-(карбоксиамидофлуоресцеинил)амидокапромоил]аллил}-2′-дезоксиуридин-5′-монофосфат) в качестве объемного повреждения в составе кластера с повреждением другого типа – апуриновым/апиримидиновым сайтом (АР-сайтом). Методом ковалентной пришивки к АР-сайту показано, что XPC–HR23b эффективнее взаимодействует с ДНК-дуплексом, содержащим АР-сайт в участке напротив остатка флуоресцеина. При смещении АР-сайта к 5′- или 3′-концу цепи эффективность модификации XPC–HR23b снижается. Эффективность модификации XPA ДНК-дуплексами с АР-сайтом и остатком флуоресцеина выше, чем дуплексами без объемного повреждения, причем набор продуктов модификации зависит от положения АР-сайта. Согласно своей основной функции RPA эффективнее взаимодействует с одноцепочечной ДНК, чем с ДНК-дуплексами, в том числе содержащими объемные повреждения. Исследование взаимодействия белков, вовлеченных в нуклеотидную репарацию, с ДНК-дуплексами, содержащими объемное повреждение и АР-сайт, удаляемый по пути эксцизионной репарации оснований, важно для понимания механизмов репарации множественных повреждений ДНК и свидетельствует о необходимости определенной последовательности репарации повреждений, включенных в состав кластеров.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM12-041, 13.04.2012.
** Адресат для корреспонденции.