БИОХИМИЯ, 2012, том 77, вып. 5, с. 578–582
УДК 577.322+57.052.2
Rp-3':5'-AMPS блокирует начальные стадии конформационного перехода регуляторной субъединицы протеинкиназы А Iα. Ч. II*
1 Санкт-Петербургский государственный университет
2 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт физиологии им. И.П. Павлова РАН
Поступила в редакцию 12.01.2012
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: 3':5'-AMP, Rp-3':5'-AMPS, B-домен регуляторной субъединицы протеинкиназы А Iα, A326, лиганд-рецепторный докинг, квантово-химический анализ.
Аннотация
Методами квантовой химии и лиганд-рецепторного докинга показано, что фосфотиоатный аналог 3′:5′-AMP (Rp-3′:5′-AMPS) препятствует смещению амидной группы A326, наблюдаемому при переходе B-домена регуляторной субъединицы протеинкиназы A Iα из H- в B-конформацию, и блокирует таким образом начальные этапы работы гидрофобного переключателя. В соответствии с предложенной гипотезой связывание Rp-3’:5’-AMPS, как и 3′:5′-AMP, сопровождается образованием водородной связи с амидной группой A326, однако параметры этой связи в совокупности с положением атома серы делают движение A326 невозможным. В результате Rp-3′:5′-AMPS-связанный домен оказывается «запертым» в H-конформации, что и подтверждается данными рентгеноструктурного анализа.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM12-004, 18.03.2012.
** Адресат для корреспонденции.