Классификация структур родопсинового рецептора современными методами структурной биоинформатики^*

Аннотация

Создана классификация кристаллографических структур родопсинов быка и кальмара, соответствующих различным стадиям фотоцикла рецептора. C помощью сервера ProCKSI проведено сравнение выбранных пространственных структур, на основании которого построены классификационные схемы (дендрограммы). Для сравнения пространственных структур трансмембранных белков подобрано оптимальное сочетание методов (консенсусный метод), реализуемых на ProCKSI. Кластеризация структур также осуществлена методом главных компонент, с помощью которого получено хорошее соответствие классификации, построенной на основе данных консенсусного метода ProCKSI. Анализ полученных результатов позволил определить основные движения отдельных трансмембранных доменов данных белков, которые удалось связать с различными стадиями фотоактивации родопсина. Найденная комбинация методов может быть использована в качестве современного аналитического инструмента для изучения конформационной динамики мембранных рецепторов.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: