БИОХИМИЯ, 2011, том 76, вып. 10, с. 1348–1358
УДК 517.214
Особенности формирования σ-зависимых пауз транскрипции РНК-полимеразами Escherichia coli и Thermus aquaticus
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: РНК-полимераза, σ-зависимая пауза, регуляция транскрипции.
Аннотация
σ70-субъединица РНК-полимеразы (РНКП) является основным фактором инициации транскрипции у Escherichia coli. В процессе инициации консервативный район 2 σ70-субъединицы взаимодействует с –10 элементом промотора и играет ключевую роль в плавлении ДНК в районе старта транскрипции. В процессе элонгации σ70-субъединица способна вызывать паузы в синтезе РНК за счет взаимодействия района 2 с участками ДНК, похожими на –10 элемент промоторов. Показано, что основная σ-субъединица Thermus aquaticus (σА) также может вызывать паузы в ходе транскрипции РНКП T. aquaticus. В то же время гибридная РНКП, состоящая из σА-субъединицы и кор-фермента E. coli, не способна образовывать паузы на стадии элонгации, хотя и может узнавать промоторы и осуществлять инициацию транскрипции. Неспособность σА-субъединицы к формированию пауз в комплексе с РНКП E. coli объясняется заменами неконсервативных аминокислот в районе 2, в участке, взаимодействующем с кор-ферментом РНКП. Таким образом, изменения в структуре района 2 σ70-субъединицы в большей степени влияют на формирование пауз транскрипции, чем на узнавание промоторов, видимо, за счет ослабления взаимодействий σ-субъединицы с кор-ферментом РНКП в процессе элонгации.