БИОХИМИЯ, 2011, том 76, вып. 9, с. 1225–1229
УДК 577.213
Полногеномное сканирование для определения метилирования ДНК с использованием полимеразы phi29
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: полногеномное сканирование метилирования ДНК, phi29-полимераза, секвенирование методом синтеза.
Аннотация
Определение различий в метилировании ДНК необходимо для понимания того, как эпигенетические механизмы влияют на экспрессию генов и, следовательно, реализацию физиологических процессов. Предложен метод, в котором один и тот же фермент рестрикции использован для получения метилированной и неметилированной библиотек фрагментов из образцов ДНК. Библиотека неметилированных фрагментов получена с помощью гидролиза ДНК чувствительной к метилированию эндонуклезы рестрикции. Гидролизованную ДНК конкатамеризовали в присутствии адапторной ДНК, которая блокировала концы фрагментов, полученных в результате первого гидролиза. Конкатамеризованную ДНК амплифицировали с помощью полимеразы phi29; при амплификации ДНК деметилировалась. На следующем этапе ДНК была гидролизована той же эндонуклеазой, которая была использована для первоначального гидролиза. В результате второго расщепления образовались фрагменты ДНК, которые были изначально метилированы. Полученные библиотеки ДНК могут быть проанализированы путем секвенирования концов фрагментов или гибридизации с геномными микрочипами. Описанио применение метода с использованием модельной системы.