БИОХИМИЯ, 2011, том 76, вып. 3, с. 449–458
УДК 577.322
Моделирование образования амилоидных фибрилл
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: амилоидная фибрилла, критическая концентрация, лаг-период, агрегация, олигомерная частица.
Аннотация
Предложена общая кинетическая модель для описания процесса амилоидообразования, включающая в себя нуклеационный механизм полимеризации с последовательным присоединением мономеров к олигомеру и автокаталитический рост амилоидных агрегатов, под которым подразумеваются все типы экспоненциального роста: ветвление, дробление и рост с поверхности. Компьютерные симуляции показали, что модель корректно описывает наблюдаемые экспериментально стадии роста амилоидных фибрилл и что присутствие стадии экспоненциального роста в модели критично для моделирования образования амилоидных фибрилл. Ключевой особенностью предложенной модели является наличие стадии экспоненциального роста агрегата. Такая стадия может описывать сразу несколько сценариев увеличения агрегата в размерах путем ветвления, дробления или роста с поверхности. На основе данных, полученных с помощью модели, сделаны выводы о значимости каждой из стадий в процессе сборки амилоидных фибрилл.