БИОХИМИЯ, 2011, том 76, вып. 2, с. 333–344
УДК 577.151.02/45
Кинетический механизм действия апуриновой-апиримидиновой эндонуклеазы человека в процессе инцизионной репарации нуклеотидов
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: APE1, инцизионная репарация нуклеотидов (NIR), кинетический механизм.
Аннотация
Апуриновая-апиримидиновая эндонуклеаза человека APE1 – мультифункциональный фермент, играющий важную роль в репарации ДНК по пути эксцизионной репарации оснований (BER). Кроме BER, APE1 вовлечен в альтернативный путь инцизионной репарации нуклеотидов (NIR), протекающий без участия гликозилаз. Нами проанализирована конформационная динамика и кинетический механизм действия APE1 в пути репарации NIR. Для этого была проведена регистрация изменений интенсивности флуоресценции 2-аминопурина (2-аPu), содержащегося в двух разных положениях в субстрате с дигидроуридином (DHU), при его взаимодействии с АРЕ1. Обнаружено, что фермент изменяет свою конформацию как в составе комплекса с субстратом, так и в комплексе с продуктом реакции, а лимитирующей стадией ферментативного процесса является, по-видимому, высвобождение фермента из комплекса с продуктом. Константы скорости каталитического расщепления ферментом субстратов, содержащих DHU, сравнимы по величине с соответствующими константами скорости для субстратов с апурин-апиримидиновым сайтом АР или остатком тетрагидрофурана, что свидетельствует о NIR как о биологически значимом процессе.