БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 10, с. 1417–1423
УДК 577.150.2
Замкнутые в циклы структуры в белках, содержащих 3β-уголки
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: моделирование структуры белков, сворачивание белков, структурные деревья.
Аннотация
Проведен анализ путей роста белковых структур на примере структурного древа β-белков, содержащих 3β-уголки, и установлено, что «заселенности» различных ветвей древа завершенными структурами известных белков значительно различаются. Это означает, что разрешенные пути роста структур реализуются в белках с разной частотой и не являются равновероятными. В 67% случаев пристраивание ближайших по цепи одного-двух β-тяжей к корневому 3β-уголку и в 15% случаев пристраивание трех β-тяжей приводят к образованию замкнутых в циклы или цилиндры структур. Из этого следует, что на первых шагах роста 3β-уголка реализуются, в основном, те пути, которые ведут к замкнутым структурам. Были исследованы левые супер-спирали, которые замыкают 3β-уголки. Показано, что в большинстве участков, которые обеспечивают переход цепи из одного β-слоя в другой, имеются один-два остатка в стерически напряженных αL– или ε-конформациях, которые должны быть глицинами или остатками с гибкими боковыми цепями, чтобы эти напряжения снять или уменьшить.