БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 8, с. 1124–1132
УДК 577.323.57
Сравнение моделей 15-звенного ДНК-аптамера к тромбину с помощью симуляции молекулярной динамики
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: тромбин, аптамер, симуляция молекулярной динамики.
Аннотация
Проведен сравнительный анализ двух моделей 15-звенного тромбин-связывающего ДНК-аптамера (15ТGT) с помощью симуляции молекулярной динамики (МД) в пакете программ GROMACS. Две исходные модели 15ТGT основаны на данных ядерного магнитного резонанса и рентгеноструктурного анализа. Эти модели существенно различаются по топологии петель и по направлению хода олигодезоксирибонуклеотидной цепи. Проведен анализ эволюции структур обеих моделей в двух силовых полях – parm99 и оптимизированном для нуклеиновых кислот parmbsc0, адаптированном авторами для архитектуры GRO-MACS. Показано, что лучшей системой для описания структуры 15TGT является модель, полученная по данным ядерного магнитного резонанса, в силовом поле parmbsc0.