БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 8, с. 1098–1110
УДК 577.322
Влияние устройства нативной структуры белка на скорость его сворачивания: моделирование сворачивания альфа-спиральных белков
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: сворачивание белка, интермедиаты сворачивания, ядро сворачивания, нуклеационный механизм, диффузионно-столкновительный механизм.
Аннотация
Может ли моделирование сворачивания уловить разницу между сворачиванием структурно похожих белков, но с различным механизмом сворачивания? Это тот вопрос, который был поставлен в данной работе. С этой целью было проведено моделирование сворачивания близких по размеру четырех α-спиральных белков из семейства гомеодоменов с помощью методов Монте-Карло и динамического программирования. Определена наиболее часто встречающаяся последовательность сворачивания α-спиралей для каждого белка и продемонстрирована корреляция между экспериментальной скоростью сворачивания и числом монтекарловских шагов. С помощью метода динамического программирования определены важные для сворачивания аминокислотные остатки. Выделенные участки соответствовали последовательности сворачивания элементов вторичной структуры в рассматриваемых белках, как в эксперименте, так и при моделировании.