БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 7, с. 954–965
УДК 577.123
Картирование регуляторного участка связывания рибосомного белка S7 с мРНК стрептомицинового оперона Escherichia coli
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: биогенез рибосом, белок S7, стрептомициновый оперон, бактерии, регуляция трансляции, регулом, SELEX , SERW.
Аннотация
Делеционным анализом показано, что для взаимодействия с рекомбинантным S7 E. coli (r6hEcoS7) необходим межцистронный участок (МЦУ) длиной ~80 нуклеотидов. Предложена модель взаимодействия S7 с двумя сайтами МЦУ – участком бифуркации шпилек и последовательностью Шайна–Дальгарно цистрона S7. Сконструирован участок связывания РНК de novo для гетерологичного белка S7 из Thermus thermophilus (r6hTthS7) селекцией комбинаторной библиотеки РНК на основе МЦУ E. coli: он имеет только один предполагаемый сайт узнавания белка в районе бифуркации. Методом SERW проведена селекция двух библиотек межцистронной РНК, у которых пять нуклеотидов двуспирального участка, примыкающего к району бифуркации, имели произвольную (рэндомизированную) последовательность. Одна библиотека содержала аутентичную пару AG (–82/–20), у другой библиотеки эта пара была заменена на AU. Отобран сервамер, способный специфически связываться с r6hTthS7, им оказался мутант РНК68 с восьмью нуклеотидными заменами. Сервамер связывается с r6hTthS7 так же, как и гомологичный аутентичный МЦУ str-мРНК с r6hEcoS7; кажущиеся константы диссоциации 89 ± 43 и 50 ± 24 нM соответственно.