БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 6, с. 807–818
УДК 577.322
Зависит ли скорость сворачивания белковых молекул от числа стадий сворачивания? Моделирование сворачивания белков с ферредоксиновой укладкой белковой цепи
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: сворачивание белка, интермедиаты сворачивания, переход «все-или-ничего», ядро сворачивания, переходное состояние, скорость сворачивания.
Аннотация
В данной работе проведен статистический анализ скоростей сворачивания 84 белков с известными экспериментальными данными. Неожиданный результат состоит в том, что белки с многостадийной кинетикой, имеющие длину 50–100 аминокислотных остатков (а.о.), сворачиваются так же быстро, как и белки с одностадийной кинетикой сворачивания из того же диапазона длин. В то же время белки с одностадийной кинетикой, имеющие длину 101–151 а.о., сворачиваются быстрее, чем белки этой группы длиной 50–100 а.о. Также неожиданным оказалось наблюдение, что в группе гомологичных белков, имеющих длину 50–100 а.о., как правило, белки с многостадийной кинетикой сворачиваются быстрее, чем белки с простой кинетикой сворачивания. В данной работе с помощью метода Монте-Карло и динамического программирования проведено моделирование сворачивания шести близких по размеру белков с ферредоксиновой укладкой белковой цепи. Продемонстрирована неплохая корреляция между экспериментальной скоростью сворачивания и некоторыми структурными параметрами и числом монте-карловских шагов. Показано, что белок, который сворачивается с накоплением промежуточного состояния, делает это на порядок быстрее, чем его структурные гомологи.