БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 4, с. 598–605
УДК 57.085.19
База данных по точным массово-временным меткам для хромато-масс-спектрометрического анализа протеома мочи
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: протеомика, масс-спектрометрия ионно-циклотронного резонанса, метод точных массово-временных меток, моча.
Аннотация
Информация о белково-пептидном составе мочи может быть использована для поиска биомаркеров ранних стадий различных заболеваний. Основной методикой идентификации белков и пептидов является тандемная масс-спектрометрия, в которой идентификация осуществляется по масс-спектрам продуктов их фрагментации. Однако наличие стадии фрагментации уменьшает чувствительность анализа и увеличивает его продолжительность. Нами разработан метод определения содержания белков и пептидов в моче человека на основе метода AMT-меток (точных массово-временных меток) без использования тандемной масс-спектрометрии. Созданы база данных AMT-меток, включающая более 1381 AMT-меток пептидов, и программное обеспечение, позволяющее наполнять базу данных AMT-меток, нормировать хроматограммы, применять базу для идентификации белков и пептидов и количественной оценки их содержания. Также предложены процедуры идентификации пептидов по масс-хроматограммам по тандемным масс-спектрам и базе AMT-меток. Приведен список белков, впервые обнаруженных в моче человека.