БИОХИМИЯ, 2010, том 75, вып. 2, с. 236–246
УДК 577.322
Статистический анализ неструктурированных аминокислотных остатков в белковых структурах
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: неструктурированные участки, неупорядоченные участки, нативно-развернутые белки, глобулярные белки, стабильность.
Аннотация
Проведен статистический анализ встречаемости неструктурированных аминокислотных остатков в структурах белков. Получены данные по статистике встречаемости неструктурированных участков на концах и в средней части белковой цепи. Обнаружено, что вблизи концов цепи (в пределах 30 остатков от N– или C-конца) находится 66% неструктурированных остатков (38% − вблизи N– и 28% − вблизи C-конца), притом, что эти краевые области включают всего 23% аминокислотных остатков. Вычислены частоты встречаемости неструктурированных остатков каждого из 20 типов в различных позициях белковой цепи. Показано, что относительные частоты встречаемости неструктурированных остатков 20 типов на концах белковых цепей отличаются от таковых в средней части белковой цепи; аминокислотные остатки одного и того же типа вблизи концов и в средней части белковой цепи имеют неодинаковую вероятность быть неструктурированными. Полученные частоты встречаемости неструктурированных остатков в средней части белковой цепи использованы в качестве шкалы для предсказания неструктурированных участков по аминокислотной последовательности белка с помощью ранее разработанного нами метода FoldUnfold. Эта шкала частот встречаемости неструктурированных остатков коррелирует со шкалой контактов (полученной нами ранее и используемой для той же цели) на уровне 95%. Тестирование новой шкалы на базе 427 неструктурированных белков и 559 полностью структурированных белков показало, что эта шкала может быть успешно использована для предсказания неструктурированных участков в белковой цепи.