Использование моделей хроматографического разделения биомакромолекул для создания баз данных АМТ в задачах «скорострельной» протеомики^*

Аннотация

Сложность задачи создания карты протеома живых организмов диктует необходимость использования мощных аналитических средств, способных отслеживать изменяющуюся карту протеома в зависимости от динамики физиологических и патогенных состояний. Один из наиболее перспективных методов – подход, основанный на создании и использовании баз данных точных масс и хроматографических времен удержания пептидных маркеров белков (AMT). Создание баз данных AMT протеома требует одновременных усилий со стороны разных исследовательских групп в рамках совместных проектов. Однако хроматографические данные, получаемые разными группами, оказываются привязанными к конкретным экспериментальным условиям и непереносимы с одной инструментальной платформы на другую. Рассматривается подход к созданию единой универсальной шкалы хроматографических времен удержания с использованием метода многоточечной нормализации (МТН). Метод основан на линейной корреляции времен удержания при разных условиях разделения, типичных для протеомных исследований. В работе представлены результаты реализации метода МТН для создания базы AMT на примере протеолитических смесей пептидов, экспериментальные данные для которых были получены независимыми исследовательскими коллективами с использованием различных протоколов разделения и обработки масс-спектрометрических данных.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: