Селекция случайных фрагментов РНК (SERF) как метод поиска участка регуляции трансляции стрептомициновой мРНК E. coli рибосомным белком S7^*

Аннотация

У E. coli биогенез малой субчастицы рибосом регулируется РНК-белковыми взаимодействиями с участием белка S7. S7 инициирует сборку субчастицы, взаимодействуя с 16S рРНК. При снижении уровня синтеза рРНК избыток белка S7 ингибирует собственную трансляцию, взаимодействуя с участком стрептомициновой (str) мРНК между цистронами S12 и S7 (межцистрон), размеры которого достигают 96 нуклеотидов. У многих бактерий такой протяженный межцистрон отсутствует, в связи с чем возникает необходимость разработки специальных подходов для поиска неизвестных регуляторных элементов мРНК, взаимодействующих с белками. Для выявления потенциальных регуляторных элементов str мРНК использован подход SERF (Selection of Random RNA Fragments). Статистическим гидролизом str-оперона, с последующей транскрипцией получен набор случайных фрагментов; из которого отобраны фрагменты, способные связываться с белком S7 (серфамеры). Показано, что стабильный специфический комплекс с S7 образует только один серфамер – производное межцистрона длиной 109 нуклеотидов – РНК109. В процессе многократного копирования и селекции возник и был отобран мутантный вариант межцистрона (РНК109), который обладает повышенным сродством к белку. РНК109 связывается с белком лучше аутентичного межцистронного участка str мРНК; их кажущиеся константы диссоциации составляют 26 ± 5 нM и 60 ± 8 нM соответственно. Высказаны гипотезы о локализации участка связывания белка S7 с межцистронным участком str мРНК и о возможном механизме регуляции сопряженной трансляции цистронов S12 и S7.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: