БИОХИМИЯ, 2008, том 73, вып. 1, с. 29–35

УДК 577.150.2

Структурные деревья белков, содержащих ϕ-мотивы*

© 2008 А.В. Ефимов

Институт белка РАН

Поступила в редакцию 15.06.2007

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: сходство белковых структур, классификация, моделирование, сворачивание белков.

Аннотация

Рассматриваются новый структурный мотив белков, названный ϕ-мотивом, а также два новых структурных дерева, в которых ϕ-мотив является корневой структурой. Обнаружено, что простейший вариант ϕ-мотива состоит из трех соседних по цепи β-тяжей, связанных перетяжками и уложенных в одном β-слое в структуру, которая напоминает греческую букву ϕ. В результате моделирования и построения структурных деревьев установлено, что путем пошагового добавления других α-спиралей и(или) β-тяжей к ϕ-мотиву в соответствии с известными правилами можно получить структуры всех белков данного суперсемейства. Полученные результаты имеют большое значение для изучения структурного сходства белков, структурной классификации белков, поиска возможных укладок полипептидной цепи и путей их сворачивания.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи:

captcha

Сноски

* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM07-187, 16.12.2007.