Влияние совместно эволюционирующих аминокислотных остатков на топологию филогенетических древ

Аннотация

Наличие в белках аминокислотных остатков, изменяющихся в процессе эволюции согласованно, связано с поддержанием постоянства пространственной структуры и функций белка. Как и в случае с морфологическими признаками, коррелированные замены могут стать причиной гомоплазий – независимого возникновения одинаковых негомологичных адаптaций. Полученные нами данные на модельных филогенетических деревьях и соответствующих им наборах последовательностей показали, что наличие коррелированных замен искажает результат филогенетических реконструкций. Предложен метод учета коэволюционирующих аминокислотных остатков в филогенетическом анализе. Согласно предлагаемому методу, из группы коррелированных аминокислотных позиций необходимо оставлять только один сайт, а остальные позиции не использовать в дальнейшем филогенетическом анализе. Проведенные симуляции показали, что замена в среднем 8% вариабельных позиций в паре модельных последовательностей на координировано эволюционирующие аминокислотные остатки способна изменить топологию дерева. Удаление таких аминокислотных остатков из последовательностей перед проведением филогенетического анализа восстанавливает правильную топологию дерева.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: