Филогения цветковых растений по последовательностям хлоропластного генома: в поисках «счастливого гена»

Аннотация

Одной из самых сложных задач молекулярно-филогенетического анализа остается выбор используемого участка генома. В идеальном случае такой участок должен обладать двумя специфическими свойствами: результаты анализа, проведенного с его использованием, должны быть аналогичны или максимально близки результатам мультигенного анализа, проведенного по максимальному числу участков; участок должен быть компактно расположенным и обладать существенно меньшей длиной по сравнению с мультигенным набором. Такие участки были выявлены для некоторых групп животных и получили название «счастливые гены» – «lucky genes». Нами был проведен компьютерный эксперимент по анализу 41 полного хлоропластного генома цветковых растений, направленный на поиск «счастливого гена» для реконструкции их филогении. Было показано, что филогенетическое дерево, построенное на основе объединения транслированных нуклеотидных последовательностей генов, кодирующих субъединицы пластидной РНК-полимеразы, является наиболее близким к дереву, построенному с использованием всех белоккодирующих участков хлоропластного генома. Для всех остальных генов или их комбинаций наблюдается существенно худшее совпадение. Гены РНК-полимеразы компактно расположены в геноме и общая длина их в четыре раза короче, чем общая длина белоккодирующих генов, используемых для филогенетического анализа. Сочетание всех необходимых признаков делает эту группу генов основными кандидатами на роль «счастливого гена» при изучении филогении цветковых.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: