БИОХИМИЯ, 2007, том 72, вып. 11, с. 1459–1467

УДК 577.113:004.5

Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах

Обзор

© 2007 Т.И. Меркулова 1,2*, Д.Ю. Ощепков 1,2, Е.В. Игнатьева 1,2, Е.А. Ананько 1, В.Г. Левицкий 1,2, Г.В. Васильев 1, Н.В. Климова 1, В.М. Меркулов 1, Н.А. Колчанов 1,2

1 Институт цитологии и генетики СО РАН

2 Новосибирский государственный университет

Поступила в редакцию 17.05.2007
После доработки 04.07.2007

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: аннотация генома, распознавание сайтов связывания факторов транскрипции, компьютерные и экспериментальные методы, базы данных, обучающие выборки.

Аннотация

Распознавание сайтов связывания факторов транскрипции (ССТФ) – первый шаг на пути к расшифровке регуляторного транскрипционного кода ДНК. Существует большое число экспериментальных методов, позволяющих идентифицировать ССТФ в геномных последовательностях. На основании полученных экспериментальных данных разработано множество компьютерных подходов к распознаванию ССТФ, каждый из которых имеет свои преимущества и ограничения. Приведена краткая характеристика компьютерных методов предсказания ССТФ, основанных на различных принципах. Проанализированы методы, применяемые для экспериментальной проверки предсказанных сайтов. Обсуждаются полученные с помощью этих методов данные о регуляторном потенциале ДНК и его реализации на уровне хроматина, а также подходы к распознаванию генов-мишеней определенных транскрипционных факторов в геномных последовательностях.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи:

captcha

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.