БИОХИМИЯ, 2007, том 72, вып. 4, с. 486–492
УДК 577.3
Местоположение и объем активного центра химотрипсина
Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Поступила в редакцию 17.02.2006
После доработки 01.09.2006
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: аппроксимирующая сфера, оксианионная полость, теплообмен.
Аннотация
Дано определение области активного центра молекулы химотрипсина как наиболее глубокой впадины на поверхности фермента, ограниченной аппроксимирующей сферой радиусом 20 Å. Объем внутри сферы достаточен для размещения 95% неводородных атомов молекулы фермента. Впадина активного центра фермента расположена в шаровом секторе с углом при вершине 80° и осью, проходящей через СВ-атом остатка Ser195. Объем впадины активного центра, рассчитанный методом Монте-Карло на основании известных рентгеноструктурных данных, составляет 2700 Å3 (8% объема, ограниченного сферой). Размер и форма впадины активного центра позволяют входить в активный центр достаточно крупным (более 60 неводородных атомов) фрагментам молекул-субстратов. На дне впадины активного центра имеется узкий отсек, примыкающий к оксианионной полости и доступный для молекул воды, но не для молекул субстрата. Молекулы воды внутри узкого отсека могут участвовать в обмене тепловой энергией с внешней средой в различные моменты ферментативной реакции.