БИОХИМИЯ, 2007, том 72, вып. 3, с. 358–367
УДК 577.322.5
Новый метод оценки качества упаковки трансмембранных α-спиральных доменов в белках*
1 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
2 Биологический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова
3 Московский физико-технический институт
Поступила в редакцию 02.11.2006
После доработки 10.11.2006
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: интегральные мембранные белки, предсказание пространственной структуры, белковое окружение, GPCR, зрительный родопсин.
Аннотация
Представлен новый метод оценки качества упаковки α-спиральных сегментов в трансмембранных (ТМ) доменах мембранных белков (МБ), основанный на анализе «обучающего набора» экспериментальных структур МБ высокого разрешения. Предложенная концепция классов белково-мембранного окружения позволяет численно оценить параметры упаковки спиралей в модели белка, основываясь на характеристиках отдельных аминокислотных остатков, описанных в терминах доли поверхности, доступной мембране, и полярности ближайшего белкового окружения. Показано, что метод дает возможность идентифицировать в больших наборах теоретических моделей конформацию, наиболее близкую к нативной структуре. Разработанный метод «оценивающей функции для МБ» может быть полезен при оптимизации ТМ-упаковки теоретических моделей МБ, в частности моделей G-белоксопряженных рецепторов.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM06-279, 21.01.2007.
** Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.