БИОХИМИЯ, 2007, том 72, вып. 1, с. 5–26
УДК 577.11
Метод фотоаффинного мечения и его применение в структурно-биологических исследованиях
Обзор
Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Поступила в редакцию 18.09.2006
После доработки 04.10.2006
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: фотоаффинное мечение, лигандсвязывающие сайты, фотореактивные зонды, ганглиозиды, фосфолипиды, нуклеотиды, гликоконъюгаты.
Аннотация
В обзоре кратко рассмотрены некоторые теоретические аспекты метода фотоаффинного (фотореактивного) мечения (PAL) и дана сравнительная характеристика наиболее широко применяемых фотореактивных группировок – арилазидной, бензофеноновой и 3-(трифторметил)-3-фенилдиазириновой. Описана методология проведения экспериментов, которая включает в себя современные подходы с использованием масс-спектрометрических методов анализа продуктов пришивки фотореактивных зондов к биомолекулам. Приведены примеры применения метода PAL в самых разных областях структурной биологии за последние 5–10 лет. Исследованы потенциальные мишени лекарств, транспортные процессы, стереохимия взаимодействия G-белоксопряженных рецепторов с лигандами, а также структурная динамика ацетилхолинового рецептора никотинового типа. Рассмотрено применение фотоаффинных ганглиозидных и фосфолипидных зондов в исследованиях биологических мембран, нуклеотидных зондов (при изучении репликативных и транскрипционных комплексов), фотоаффинных гликоконъюгатов для обнаружения углеводсвязывающих белков. Отмечено, что в сочетании с современными методами инструментального анализа и компьютерного моделирования PAL остается важнейшим подходом в исследованиях организации биологических систем.