БИОХИМИЯ, 2006, том 71, вып. 11, с. 1544–1549
УДК 577.053
Применение потоковой модели для изучения метаболизма Esсherichia coli*
1 Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова
2 Институт проблем передачи информации РАН
Поступила в редакцию 07.04.2006
После доработки 25.07.2006
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: потоковая модель, Escherichia coli, метаболизм аминокислот, моделирование метаболизма.
Аннотация
С помощью программы, реализующей потоковую модель метаболизма Escherichia coli, выяснено, как реагирует ее метаболизм на добавление аминокислот (триптофан, тирозин, фенилаланин, лейцин, изолейцин, валин, гистидин, лизин, треонин, цистеин, метионин, аргинин, пролин) к бедной среде, а также к среде, лишенной источников углерода, азота или углерода и азота одновременно. В результате показана сходная реакция метаболической системы на добавление различных аминокислот к бедной среде. Отмечено, что увеличиваются потоки гликолитического пути и синтез пирувата с последующей деградацией до ацетата через ацетилкофермент А, уменьшаются потоки через пентозофосфатный путь и цитратный цикл. Установлено, что при росте на аминокислотах как единственных источниках углерода и/или азота перестройка потоков определяется недостатком углерода, увеличивается путь от фосфоенолпирувата к глюкозо-6-фосфату, поток через пентозофосфатный путь направлен в сторону рибулозо-5-фосфата, а остальные изменения зависят от того, какие базовые метаболиты являются продуктами данной аминокислоты.
Текст статьи
Сноски
* Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM06-096, 30.09.2006.
** Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.