Построение модели взаимодействия гликолитических ферментов методом молекулярной динамики^*

Аннотация

Для изучения возможности образования комплекса и переноса субстрата от одного фермента к другому с использованием метода молекулярной динамики были выбраны два гликолитических фермента: фосфоглицератмутаза и енолаза. При создании модели молекулы ферментов помещали на расстоянии 10 Å в систему размером 173 × 173 × 173 Å, содержащую в качестве растворителя воду. Исследование проводили в трех различных ориентациях. Две молекулы исходного субстрата, 3-фосфоглицерата, расположенные возле активного центра исходной структуры PGM, заменяли молекулами 2-фосфоглицерата (2-фосфоглицерат – продукт реакции, катализируемой PGM). В систему также добавляли 150 мМ NaCl с тремя ионами Mg²⁺ для изучения посткаталитической активности в физиологических условиях. Анализ энергий взаимодействия и конформационных изменений в течение трех наносекунд биологического времени показал, что PGM и енолаза проявляют способность к взаимодействию между областями, близкими к их активным центрам, что является необходимым условием для переноса субстрата. Взаимодействие С-концевых остатков Ala239 и Val240 PGM (которые частично накрывают 2PG) с енолазой, также позволяет предположить существование переноса субстрата.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: