Анализ белково-нуклеиновых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-κB с ДНК^*

Аннотация

Проанализированы межмолекулярные контакты в трехмерных структурах комплексов фактора транскрипции NF-κB с ДНК-дуплексами, полученные методом рентгеноструктурного анализа. С помощью компьютерных программ установлены возможные ван-дер-ваальсовы контакты и водородные связи между аминокислотными остатками р65- и р50-субъединиц фактора NF-κB и участками узнавания различной нуклеотидной последовательности. Выявлены консервативные ДНК-белковые контакты, реализующиеся в составе комплекса димера NF-κB, образованного его р50- и/или р65-субъединицами, и двутяжевого κB-участка 5′-GGGAMWTTCC-3′. Предложена ранее не описанная схема контактов гомодимера субъединицы р50 NF-κB с κB-участком из энхансера генов легких цепей иммуноглобулинов (Ig-κB). Для экспериментальной проверки сближенности отдельных остатков Lys и Cys гомодимера субъединицы р50 NF-κB с κB-участками различной нуклеотидной последовательности использован метод ковалентного связывания белка с ДНК-лигандами, несущими реакционноспособные группировки нескольких типов. Продемонстрирована корреляция результатов по ДНК-белковым контактам, полученных методами компьютерного моделирования и аффинной модификации.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: