БИОХИМИЯ, 2004, том 69, вып. 5, с. 658–665

УДК 577.123

Сравнительный анализ различных методов типирования клинических изолятов Helicobacter pylori

© 2004 В.М. Говорун 1,2*, П.Г. Лохов 1, С.А. Мошковский 1, К.Т. Момыналиев 2, О.В. Селезнева 2, Л.В. Кудрявцева 2, М.В. Серебрякова 1, О.В. Тихонова 1, Е.И. Гоуфман 1, А.И. Арчаков 1

1 ГУ НИИ биомедицинской химии РАМН им. В.Н. Ореховича

2 НИИ физико-химической медицины МЗ РФ

Поступила в редакцию 06.08.2003
После доработки 06.10.2003

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: Helicobacter pylori, молекулярное типирование, геномное сканирование, ДНК-поле, RAPD-анализ, протеомная карта.

Аннотация

Проведено сравнение различных методов молекулярного типирования с использованием в качестве примера клинических изолятов Helicobacter pylori, которые были получены у пациентов различных регионов России. Геномное сканирование на ДНК-макрополе, содержащем индивидуальные гены, использовали для составления основной классификации изолятов, имеющих и не имеющих островок патогенности. Параллельно ДНК тех же изолятов использовали для общепринятого анализа путем полимеразной цепной реакции случайно амплифицированной полиморфной ДНК (RAPD-PCR). Кроме того, данные изоляты генотипированы по генам cagA, vacA, iceA и babA и получены их протеомные карты посредством одномерного электрофореза в полиакриламидном геле (1D-PAGE) с последующей идентификацией белков с использованием фингерпринтинга масс пептидов путем MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Статистически значимую корреляцию (коэффициент корреляции r = 0,25, p = 0,005) наблюдали между результатами геномного сканирования и 1D-PAGE. Между типированием путем RAPD-PCR и геномным сканированием корреляции не обнаружено.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи:

captcha

Сноски

* Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.