Влияние нуклеотидных замен в тРНК^Phe на ориентацию акцепторного конца в комплексе с фенилаланил-тРНК-синтетазой

Аннотация

Влияние замены элементов узнавания тРНК^Phe на ориентацию 3′-концевого нуклеотида в комплексе с фенилаланил-тРНК-синтетазой (PheRS) T. thermophilus в отсутствие или в присутствии фенилаланина и/или АТР изучено с помощью фотоаффинного мечения s⁴U76-замещенными аналогами тРНК^Phe дикого типа и мутантных. Двойная мутация G34C/A35U оказывает самое сильное дезориентирующее влияние в отсутствие низкомолекулярных субстратов и резко снижает уровень мечения белка, что свидетельствует в пользу инициирующей роли антикодона в образовании контактов, ответственных за расположение акцепторного конца. Эффективность образования фотосшивок с α- и β-субъединицами в присутствии отдельных субстратов более чувствительна к нуклеотидным заменам в антикодоне (G34 на А или А36 на С), чем к изменениям в общей структуре тРНК^Phe (в результате замены третичной пары G19-C56 на U19-G56 или U20 на A). Степень нарушений в ориентации 3′-концевого нуклеотида в присутствии двух субстратов коррелирует со степенью уменьшения числа оборотов реакции аминоацилирования в результате соответствующих мутаций. Полученные данные свидетельствуют о том, что специфические взаимодействия фермента с антикодоном доминируют в установлении контактов, ответственных за связывание ССА-конца и концевого нуклеотида (контролируемое фенилаланином) в продуктивном комплексе, а общая конформация тРНК^Phe определяет в первую очередь расположение акцепторного стебля (контролируемое АТР). Все основные элементы узнавания тРНК^Phe, которые оптимизируют ее первоначальное связывание с PheRS, участвуют также в формировании каталитически активного комплекса, обеспечивая функциональную конформацию акцепторной ветви.

Текст статьи

Пожалуйста, введите код, чтобы получить PDF файл с полным текстом статьи: